在RNAseq數(shù)據(jù)處理的過程中，有的時(shí)候需要寫循環(huán)或者提交任務(wù)到服務(wù)器。這個(gè)時(shí)候vim編輯器就很好用了。 image.png 使用方式：vi + < 文件名>(后綴可以是.s...
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Vim 編輯器_批量檢測(cè)fastq文件質(zhì)量 -
trimmomatic 的使用循環(huán)語句Trimmomatic 是基于java的多功能的工具，用于預(yù)處理讀段。Trimmomatic 可以刪除接頭，而且以基于質(zhì)量的不同的方式對(duì)讀段進(jìn)行修剪。它也可以基于質(zhì)量和長(zhǎng)度對(duì)...
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conda 安裝tophat包時(shí)報(bào)錯(cuò)failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.在用conda安裝包時(shí)，有時(shí)會(huì)報(bào)錯(cuò)。 例如此處的tophat包的安裝： 仔細(xì)看報(bào)錯(cuò)信息，這里的原因是python版本發(fā)生了沖突。對(duì)于我這個(gè)包來說需要python2.7，但我這...
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運(yùn)行multiqc時(shí)出錯(cuò)
運(yùn)行multiqc時(shí)出錯(cuò)，錯(cuò)誤為：RuntimeError: Click will abort further execution because Python 3 was ...
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下載轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的方法
在閱讀文獻(xiàn)時(shí)，會(huì)得到一些轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)。那么我們?nèi)绾蜗螺d這些轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)呢？以SRR1039510為例 一般轉(zhuǎn)錄組分析都會(huì)在服務(wù)器上進(jìn)行，所以在下載之前，需要配置好環(huán)境，下載好相...