hello，大家好，今天周一，做一個簡單的匯總，主要針對基因集打分，無論是單細胞還是空間，基因集打分都很普遍，方法也很多，我們來總結一下。 研究背景 在單細胞轉錄組測序中，整...
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IP屬地：浙江
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10X單細胞（10X空間轉錄組）基因集打分方法匯總
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非負矩陣分解（NMF）應用于scRNAseq的細胞分群NMF算法簡介 非負矩陣分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)的思想可以描述為，對于任意給定的一個非負矩陣V，NMF算法能夠找到...
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細胞類型重復性驗證----MetaNeighbor（1）單細胞轉錄組的出現(xiàn)加快了細胞類型多樣性的研究，以及一些稀有細胞類型的發(fā)現(xiàn)。但是，細胞類型的注釋則因為不同數據集以及不同分析方法的原因差異較大。如何來驗證細胞類型注釋的真?zhèn)?，?..
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limma 包的normalizeBetweenArrays和其他數據矯正方法原文鏈接：https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4511789[https://my.oschina.net/u/4503882/blo...
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scRNAseq || 堆疊小提琴圖(StackedVlnPlot)的4種實現(xiàn)方式??最近一直在學習單細胞方面的知識，無意中看到別人的帖子在分享如何畫堆疊的小提琴圖(StackedVlnPlot)，順便就學習了一下。發(fā)現(xiàn)StackedVlnPlot圖確實看...
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tidydr | 一行代碼搞定小坐標系日常瞎掰 ??scRNA-seq數據聚類后會使用UMAP或者TSNE圖來展示細胞分群結果。對于畫這類降維圖，Seuart包就可以輕松實現(xiàn)。不過，好像大家并不滿足于Seuart...
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CITE-seq：同時測細胞表面蛋白和RNA的單細胞測序單細胞測序方法和原理系列： 1. 單細胞轉錄組建庫原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[http://www.itdecent.cn/p/6c5d...
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R 數據可視化 —— 聚類熱圖 ComplexHeatmap(二)注釋熱圖注釋 前面我們介紹了如何繪制聚類熱圖，在這一節(jié)我們將介紹如何添加注釋 熱圖的注釋是聚類熱圖的重要組成部分，能夠將熱圖的行、列附加信息添加到熱圖中。 ComplexHeat...
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Seurat包之導入單細胞數據方式匯總挖掘公共單細胞數據集時，會遇到常見各種單細胞測序數據格式?，F(xiàn)總結如下，方便自己日后調用，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
