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發(fā)簡信
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gatk-4.1.9.0/gatk VariantFiltration warnings
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群體適應(yīng)性分析——選擇信號(hào)●選擇信號(hào)：生物在自然選擇或人工選擇過程中，由于選擇作用在基因組上留下的遺傳多態(tài)性降低、連鎖不平衡等選擇印記。●選擇性清除（selective sweep）：受選擇基因座位的...
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都8102年了，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧之前寫過一篇文章Fastq-dump: 一個(gè)神奇的軟件[http://www.itdecent.cn/p/a8d70b66794c]， 詳細(xì)介紹了fastq-dump的用法...
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轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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VCF文件參數(shù)解讀VCF (variant callformat) 文件記錄了所有樣品基因組中所有位置變異（主要包括SNP和InDel）信息。后續(xù)幾乎所有分析內(nèi)容都是基于此文件，如進(jìn)化樹分析、...
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BUSCO - 組裝質(zhì)量評估BUSCO - 組裝質(zhì)量評估軟件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 額。直譯的話就是普遍通用的單拷貝直...
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全長轉(zhuǎn)錄本SSR預(yù)測
SSR-簡單重復(fù)序列預(yù)測（MISA） MISA是使用 perl 編寫的一支程序，能識(shí)別出序列中的微衛(wèi)星和復(fù)合微衛(wèi)星（兩個(gè)微衛(wèi)星之間由由不多于100bp的堿基對隔開），并給出其...
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全長轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)分析（下）
作者：Arno審稿：童蒙編輯：angelica 前面我們介紹了PacBio三代全長轉(zhuǎn)錄組測序相關(guān)的全長轉(zhuǎn)錄本鑒定、全長轉(zhuǎn)錄本比對、全長轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)分析上篇。 今天我們繼續(xù)介紹包...
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使用DSS做差異甲基化區(qū)域（DMR分析）
DSS是一個(gè)可用于做RNA-seq差異表達(dá)分析或甲基化差異分析的R包，在做差異甲基化分析時(shí)，DSS對每個(gè)CpG進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)，然后根據(jù)我們指定的閾值可以篩選出差異甲基化位點(diǎn)（d...
