以下內(nèi)容參考了博客https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/12818888.html、前研究組師妹的總結(jié)資料和MCMCTree tutorial...
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Fst 和 Dxy 是遺傳學(xué)中用于衡量不同種群之間遺傳分化的兩個指標,但它們的意義和計算方式不同,因此計算結(jié)果差異很大是正常的。 1. Fst(Fixation Index)...
使用 Twisst 探索整個基因組的進化關(guān)系的拓撲加權(quán)教程[https://github.com/simonhmartin/tutorials/blob/master/top...
往期教程 「群體遺傳學(xué)實戰(zhàn)」第一課: 對SNP位點進行注釋 「群體遺傳學(xué)實戰(zhàn)」第二課: 畫出和文章幾乎一樣的PCA圖 SNP位點過濾 SNP過濾有兩種情況,一種是僅根據(jù)位點質(zhì)...
寫在前面 初始組裝經(jīng)過基因組糾錯(polish)以及去冗余(purge)之后,就可以將其掛載到染色體上,使其由contig/scaffold級別的基因組提升到chromoso...
基因序列中的密碼子隨著時間的推移以幾乎恒定的比例進行替換,具有恒定的演化速率,因此兩個物種時間的遺傳距離與物種分歧時間成正比。 本文就利用mcmctree估算物種分歧時間做一...
導(dǎo)語 Hi-C是高通量染色體構(gòu)象捕獲(High-throughput Chromosome Conformation Capture, Hi-C)技術(shù)的簡稱,開發(fā)于2009年...
基因型填充 - fillGenotype - beagle 基因型填充(Genotype-Imputation):從原理到操作 - 知乎 (zhihu.com)[https:...
目前,用于Hi-C輔助基因組組裝的軟件有LACHESIS、SALSA2、3D-DNA、ALLHiC等,包括這2年發(fā)的hic_hiker等, 這些軟件在基因組組裝方面各有優(yōu)劣。...