以下內(nèi)容參考了博客https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/12818888.html、前研究組師妹的總結(jié)資料和MCMCTree tutorial...
IP屬地：澳門
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mcmctree進行分化時間的估算 -
Fst和Dxy(gpt版??)
Fst 和 Dxy 是遺傳學(xué)中用于衡量不同種群之間遺傳分化的兩個指標，但它們的意義和計算方式不同，因此計算結(jié)果差異很大是正常的。 1. Fst（Fixation Index）...
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生信教程：使用拓撲加權(quán)探索基因組進化（2）
使用 Twisst 探索整個基因組的進化關(guān)系的拓撲加權(quán)教程[https://github.com/simonhmartin/tutorials/blob/master/top...
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「群體遺傳學(xué)實戰(zhàn)」第三課: 如何對SNP位點進行過濾
往期教程 「群體遺傳學(xué)實戰(zhàn)」第一課: 對SNP位點進行注釋 「群體遺傳學(xué)實戰(zhàn)」第二課: 畫出和文章幾乎一樣的PCA圖 SNP位點過濾 SNP過濾有兩種情況，一種是僅根據(jù)位點質(zhì)...
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De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic，3d-dna）寫在前面 初始組裝經(jīng)過基因組糾錯（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以將其掛載到染色體上，使其由contig/scaffold級別的基因組提升到chromoso...
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mcmctree估算物種分歧時間基因序列中的密碼子隨著時間的推移以幾乎恒定的比例進行替換，具有恒定的演化速率，因此兩個物種時間的遺傳距離與物種分歧時間成正比。 本文就利用mcmctree估算物種分歧時間做一...
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Hi-C輔助基因組組裝原理｜主流軟件導(dǎo)語 Hi-C是高通量染色體構(gòu)象捕獲（High-throughput Chromosome Conformation Capture, Hi-C）技術(shù)的簡稱，開發(fā)于2009年...
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群體雜交漸滲基因流軟件基因型填充 - fillGenotype - beagle 基因型填充(Genotype-Imputation)：從原理到操作 - 知乎 (zhihu.com)[https:...
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【HiC掛載】3D-DNA掛載目前，用于Hi-C輔助基因組組裝的軟件有LACHESIS、SALSA2、3D-DNA、ALLHiC等，包括這2年發(fā)的hic_hiker等， 這些軟件在基因組組裝方面各有優(yōu)劣。...
