@_Melody_le 可以，表頭其實(shí)儲(chǔ)存的就是你的基因組染色體信息以及比對(duì)的命令，對(duì)比對(duì)的實(shí)際內(nèi)容沒有影響。刪掉不需要的行之后記得仔細(xì)檢查一下就好，不要只保留了read1而把read2丟掉了。
bam文件截取指定長(zhǎng)度的序列截取長(zhǎng)度在50-100的序列 截取長(zhǎng)度為50，51的序列
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖北
-
-
@dessertle 會(huì)麻煩點(diǎn)，可以按照插入片段來篩選。bam第九列是插入片段長(zhǎng)度，根據(jù)這個(gè)提取符合長(zhǎng)度的序列名字。然后根據(jù)序列名用seqtk提取bam文件。
bam文件截取指定長(zhǎng)度的序列
截取長(zhǎng)度在50-100的序列 截取長(zhǎng)度為50，51的序列
-
n = "\n", 就是把換行符賦值給n的意思，其實(shí)可以用seqkit更方便的
將某一多行的fasta文件轉(zhuǎn)換為單行的fasta文件
處理數(shù)據(jù)的時(shí)候經(jīng)常遇到將多行fasta轉(zhuǎn)換為單行，或者將很多行fasta串聯(lián)起來合并為一行，下面是一些方法。 1、將多行fasta轉(zhuǎn)換為單行的，并保留原來的頭 ps ...
-
fasta格式轉(zhuǎn)fastq格式
比對(duì)軟件比如bowtie并不支持比對(duì)fasta格式的文件，所以需要把fasta轉(zhuǎn)為fastq格式，但是fasta和fastq相比缺少質(zhì)量值，所以只能偽造一個(gè)加上去，這里用到s...
-
bed文件轉(zhuǎn)換為gtf文件
參考自 https://www.biostars.org/p/64346/[https://www.biostars.org/p/64346/] 方法： 利用UCSC的bed...
-
鏈特異性測(cè)序的理解 小RNA鏈特異性1、鏈特異性測(cè)序的目的現(xiàn)在二代測(cè)序主要有PE和SE兩種策略，PE主要用于RNA-seq，SE主要用于小RNA測(cè)序（短片段文庫(kù)測(cè)序）。PE測(cè)序，我們可以得到read1和read...
-
謝謝，我沒注意這個(gè)參數(shù)，不過我是單端的數(shù)據(jù)。
二代測(cè)序數(shù)據(jù)（RNA-seq）比對(duì)率低怎么辦
在分析二代數(shù)據(jù)的時(shí)候，很常見的一個(gè)問題就是比對(duì)率低，下面是我就經(jīng)常遇到的一些情況，以及解決方法。 影響測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)率的原因 1.接頭污染: 測(cè)序接頭: 最常見的污染源就是測(cè)序...
-
修改PGA，讓你的葉綠體gb文件不再有問題很多人會(huì)使用PGA進(jìn)行葉綠體基因組注釋，但是PGA產(chǎn)生的genbank文件不夠規(guī)范，對(duì)其進(jìn)行以下修改，能解決很多問題：
-
python 打印列表時(shí)省略掉方括號(hào)
如果我想把列表當(dāng)作單獨(dú)的一個(gè)域進(jìn)行輸出，直接print是最簡(jiǎn)單的方法，但是，輸出時(shí)會(huì)有方括號(hào)[]，用join()這個(gè)函數(shù)就可以刪除掉這個(gè)方括號(hào)了。
-
是的，單端測(cè)序用到這個(gè)比較多，雙端測(cè)序我目前沒用到過需要截取指定長(zhǎng)度的情況。
bam文件截取指定長(zhǎng)度的序列
截取長(zhǎng)度在50-100的序列 截取長(zhǎng)度為50，51的序列
-
將某一多行的fasta文件轉(zhuǎn)換為單行的fasta文件
處理數(shù)據(jù)的時(shí)候經(jīng)常遇到將多行fasta轉(zhuǎn)換為單行，或者將很多行fasta串聯(lián)起來合并為一行，下面是一些方法。 1、將多行fasta轉(zhuǎn)換為單行的，并保留原來的頭 ps ...