上一期，給大家介紹了SnpEff注釋數(shù)據(jù)庫。這一期著重介紹SnpEff的命令，最后一期介紹注釋結(jié)果解析 準(zhǔn)備文件已經(jīng)注釋好的物種SnpEff注釋庫- GRCh37.100 (...
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snpEff使用說明（下）-SnpEff注釋SNP/INDEL -
snpEff使用說明（上）-了解及創(chuàng)建SnpEff注釋數(shù)據(jù)庫SnpEff是一款注釋變異位點(diǎn)（SNP+InDel+MNP）和預(yù)測(cè)變異對(duì)基因的影響（例如氨基酸變化）的工具。 用法： 輸入文件：輸入是變異位點(diǎn)（SNP，插入，缺失和MNP）的...
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R繪制火山圖 EnhancedVolcano+ggplot什么是火山圖？ 火山圖其實(shí)是一種很形象的叫法，它可以通過關(guān)注對(duì)象的落點(diǎn)從而直觀地展示該對(duì)象的所屬區(qū)域。其通常用于展示差異結(jié)果，比如RNA-seq差異基因展示。讀懂了“火山”火...
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pheatmap 相關(guān)性熱圖 基因表達(dá)量熱圖熱圖 熱圖概念：熱圖是一個(gè)以顏色變化來顯示數(shù)據(jù)的矩陣，可以簡(jiǎn)單地聚合大量數(shù)據(jù)，并使用一種漸進(jìn)的色帶直觀地展現(xiàn)空間數(shù)據(jù)的相對(duì)大小。 熱圖在生物學(xué)中的應(yīng)用：生物學(xué)中熱圖經(jīng)常用于展...
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clusterProfiler基因功能富集分析 +氣泡圖1. 非模式生物 非模式生物需要提前從AnnotationHub抓取目標(biāo)物種的OrgDb數(shù)據(jù)庫，這個(gè)庫里包括Uniport，ENSEMBL，ENTREZID，REFSEQ，G...