在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻(xiàn)的時(shí)候看到計(jì)算免疫細(xì)胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函數(shù)...
發(fā)簡(jiǎn)信
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Seurat的打分函數(shù)AddMouduleScore -
Seurat包的打分函數(shù)AddModuleScore
在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的過程中，Seurat包提供了一個(gè)為一個(gè)基因集打分的函數(shù)AddModuleScore（自定基因集），為基因集進(jìn)行打分常見的富集分析軟件GSVA，今天我們來看看...
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10Xvisium HD高精度平臺(tái)探索作者，Evil Genius 看到最近的反饋，大家似乎對(duì)相親的事情很感興趣啊，??，但是大家別光顧笑啊，女孩子想想自己30多歲會(huì)不會(huì)也是這樣，男孩子30多了想想遇到這樣的女人該...
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新年第一彈,聊聊Visium HD作者,Evil Genius 新的一年,對(duì)于單細(xì)胞空間來講,一開始就是被Visium HD搶走了風(fēng)頭,各個(gè)公司的推文鋪天蓋地而來,我的第一反應(yīng)是,華大空間平臺(tái)問世的時(shí)候,國(guó)內(nèi)...
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【R畫圖學(xué)習(xí)13.4】散點(diǎn)圖---單細(xì)胞不同亞群火山圖下面這個(gè)圖是我在單細(xì)胞相關(guān)文章中見過的，也算是火山圖的變種。可以看出X軸是不同的細(xì)胞類型，Y軸是marker基因的fold change（log2）,但是不同類別之間他們是不...
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單細(xì)胞亞群差異基因火山圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Scanpy - 軌跡推斷/擬時(shí)序分析什么是擬時(shí)序分析？擬時(shí)序（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程。我...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組流程三：超詳細(xì)！Scanpy打通單細(xì)胞常規(guī)流程有人可能會(huì)說：?jiǎn)渭?xì)胞分析使用Seurat，monocle等R包會(huì)更加方便。但是實(shí)際分析中,測(cè)試情況是當(dāng)細(xì)胞量大于5萬時(shí)。一般小型服務(wù)器內(nèi)存很容易不足，這時(shí)候請(qǐng)不要過多嘗試使用...
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細(xì)胞通訊分析【一】——CellChat上游分析本期內(nèi)容已同步分享至單細(xì)胞天地 細(xì)胞通訊是指細(xì)胞與細(xì)胞之間的聯(lián)系。細(xì)胞和人類一樣，多細(xì)胞生物的很多細(xì)胞會(huì)相互作用，形成“細(xì)胞社會(huì)”，在這個(gè)社會(huì)里，細(xì)胞與細(xì)胞之間會(huì)發(fā)生相互作用...
