在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻(xiàn)的時(shí)候看到計(jì)算免疫細(xì)胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函數(shù)...
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IP屬地：廣西
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Seurat的打分函數(shù)AddMouduleScore -
Seurat包的打分函數(shù)AddModuleScore
在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的過(guò)程中，Seurat包提供了一個(gè)為一個(gè)基因集打分的函數(shù)AddModuleScore（自定基因集），為基因集進(jìn)行打分常見(jiàn)的富集分析軟件GSVA，今天我們來(lái)看看...
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10Xvisium HD高精度平臺(tái)探索作者，Evil Genius 看到最近的反饋，大家似乎對(duì)相親的事情很感興趣啊，??，但是大家別光顧笑啊，女孩子想想自己30多歲會(huì)不會(huì)也是這樣，男孩子30多了想想遇到這樣的女人該...
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新年第一彈,聊聊Visium HD作者,Evil Genius 新的一年,對(duì)于單細(xì)胞空間來(lái)講,一開(kāi)始就是被Visium HD搶走了風(fēng)頭,各個(gè)公司的推文鋪天蓋地而來(lái),我的第一反應(yīng)是,華大空間平臺(tái)問(wèn)世的時(shí)候,國(guó)內(nèi)...
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【R畫(huà)圖學(xué)習(xí)13.4】散點(diǎn)圖---單細(xì)胞不同亞群火山圖下面這個(gè)圖是我在單細(xì)胞相關(guān)文章中見(jiàn)過(guò)的，也算是火山圖的變種?？梢钥闯鯴軸是不同的細(xì)胞類型，Y軸是marker基因的fold change（log2）,但是不同類別之間他們是不...
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單細(xì)胞亞群差異基因火山圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Scanpy - 軌跡推斷/擬時(shí)序分析什么是擬時(shí)序分析？擬時(shí)序（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過(guò)擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過(guò)程。我...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組流程三：超詳細(xì)！Scanpy打通單細(xì)胞常規(guī)流程有人可能會(huì)說(shuō)：?jiǎn)渭?xì)胞分析使用Seurat，monocle等R包會(huì)更加方便。但是實(shí)際分析中,測(cè)試情況是當(dāng)細(xì)胞量大于5萬(wàn)時(shí)。一般小型服務(wù)器內(nèi)存很容易不足，這時(shí)候請(qǐng)不要過(guò)多嘗試使用...
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細(xì)胞通訊分析【一】——CellChat上游分析本期內(nèi)容已同步分享至單細(xì)胞天地 細(xì)胞通訊是指細(xì)胞與細(xì)胞之間的聯(lián)系。細(xì)胞和人類一樣，多細(xì)胞生物的很多細(xì)胞會(huì)相互作用，形成“細(xì)胞社會(huì)”，在這個(gè)社會(huì)里，細(xì)胞與細(xì)胞之間會(huì)發(fā)生相互作用...
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CellChat 三部曲2：使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析CellChat 三部曲2：使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...
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CellChat 三部曲3：具有不同細(xì)胞類型成分的多個(gè)數(shù)據(jù)集的細(xì)胞通訊比較分析
CellChat 三部曲3：具有不同細(xì)胞類型成分的多個(gè)數(shù)據(jù)集的細(xì)胞通訊比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 第一部分：比較分析具...
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單細(xì)胞WGCNA分析(1)我在前面也分享過(guò)幾篇關(guān)于WGCNA的帖子，其實(shí)WGCNA本身就是對(duì)基因進(jìn)行了加權(quán)共表達(dá)，合理分組的結(jié)果。 如果對(duì)于一個(gè)表達(dá)量矩陣，本身就至于2個(gè)分組，WT和處理，那么簡(jiǎn)單的差...
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Seurat4.0系列教程22：空間轉(zhuǎn)錄組的分析、可視化與整合Seurat4.0系列教程告一段落，但這決不是終點(diǎn)。這個(gè)系列教程是給大家打開(kāi)一扇窗，讓大家知道Seurat4.0有這些功能可用，少走彎路。后續(xù)還要自己深入研究。學(xué)，然后知不足...
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scATAC分析神器ArchR初探-scRNA-seq確定細(xì)胞類型（8）scATAC分析神器ArchR初探-簡(jiǎn)介（1）[http://www.itdecent.cn/p/90ccb3d24322]scATAC分析神器ArchR初探-ArchR進(jìn)...
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使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第十六章)本文首發(fā)于我的個(gè)人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-...
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?? funkyheatmap | 用這個(gè)包來(lái)完美復(fù)刻N(yùn)ature Biotechnology的高顏值神圖吧！~寫(xiě)在前面 天氣開(kāi)始暖和了??，發(fā)現(xiàn)旅游的人好多啊！~?? 不知道自己什么時(shí)候能有時(shí)間出去看看外面的世界，實(shí)在是太忙了。?? 最近用到的有個(gè)包感覺(jué)很不錯(cuò)，分享給大家，funkyhe...
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跟著Nature Communications學(xué)作圖 -- 復(fù)雜百分比柱狀圖從這個(gè)系列開(kāi)始，師兄就帶著大家從各大頂級(jí)期刊中的Figuer入手，從仿照別人的作圖風(fēng)格到最后實(shí)現(xiàn)自己游刃有余的套用在自己的分析數(shù)據(jù)上！這一系列絕對(duì)是高質(zhì)量！還不趕緊點(diǎn)贊+在看...
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生信 | scATAC-Seq數(shù)據(jù)獲?。ǔ靤ra轉(zhuǎn)fq）部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac]，但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析（軟件安裝 + 數(shù)據(jù)獲取 + c...
