在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻的時候看到計算免疫細胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函數(shù)...
在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻的時候看到計算免疫細胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函數(shù)...
在單細胞數(shù)據(jù)分析的過程中,Seurat包提供了一個為一個基因集打分的函數(shù)AddModuleScore(自定基因集),為基因集進行打分常見的富集分析軟件GSVA,今天我們來看看...
作者,Evil Genius 看到最近的反饋,大家似乎對相親的事情很感興趣啊,??,但是大家別光顧笑啊,女孩子想想自己30多歲會不會也是這樣,男孩子30多了想想遇到這樣的女人該...
作者,Evil Genius 新的一年,對于單細胞空間來講,一開始就是被Visium HD搶走了風頭,各個公司的推文鋪天蓋地而來,我的第一反應是,華大空間平臺問世的時候,國內(nèi)...
下面這個圖是我在單細胞相關文章中見過的,也算是火山圖的變種??梢钥闯鯴軸是不同的細胞類型,Y軸是marker基因的fold change(log2),但是不同類別之間他們是不...
單細胞繪圖系列: Seurat繪圖函數(shù)總結[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
什么是擬時序分析?擬時序(pseudotime)分析,又稱細胞軌跡(cell trajectory)分析,通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程。我...
有人可能會說:單細胞分析使用Seurat,monocle等R包會更加方便。但是實際分析中,測試情況是當細胞量大于5萬時。一般小型服務器內(nèi)存很容易不足,這時候請不要過多嘗試使用...
本期內(nèi)容已同步分享至單細胞天地 細胞通訊是指細胞與細胞之間的聯(lián)系。細胞和人類一樣,多細胞生物的很多細胞會相互作用,形成“細胞社會”,在這個社會里,細胞與細胞之間會發(fā)生相互作用...
CellChat 三部曲2:使用CellChat 對多個數(shù)據(jù)集細胞通訊進行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...
CellChat 三部曲3:具有不同細胞類型成分的多個數(shù)據(jù)集的細胞通訊比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 第一部分:比較分析具...
我在前面也分享過幾篇關于WGCNA的帖子,其實WGCNA本身就是對基因進行了加權共表達,合理分組的結果。 如果對于一個表達量矩陣,本身就至于2個分組,WT和處理,那么簡單的差...
Seurat4.0系列教程告一段落,但這決不是終點。這個系列教程是給大家打開一扇窗,讓大家知道Seurat4.0有這些功能可用,少走彎路。后續(xù)還要自己深入研究。學,然后知不足...
scATAC分析神器ArchR初探-簡介(1)[http://www.itdecent.cn/p/90ccb3d24322]scATAC分析神器ArchR初探-ArchR進...
本文首發(fā)于我的個人博客, http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
寫在前面 天氣開始暖和了??,發(fā)現(xiàn)旅游的人好多?。?? 不知道自己什么時候能有時間出去看看外面的世界,實在是太忙了。?? 最近用到的有個包感覺很不錯,分享給大家,funkyhe...
從這個系列開始,師兄就帶著大家從各大頂級期刊中的Figuer入手,從仿照別人的作圖風格到最后實現(xiàn)自己游刃有余的套用在自己的分析數(shù)據(jù)上!這一系列絕對是高質量!還不趕緊點贊+在看...
部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac],但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析(軟件安裝 + 數(shù)據(jù)獲取 + c...