在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻的時候看到計算免疫細胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函數(shù)...
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Seurat的打分函數(shù)AddMouduleScore -
Seurat包的打分函數(shù)AddModuleScore
在單細胞數(shù)據(jù)分析的過程中，Seurat包提供了一個為一個基因集打分的函數(shù)AddModuleScore（自定基因集），為基因集進行打分常見的富集分析軟件GSVA，今天我們來看看...
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10Xvisium HD高精度平臺探索作者，Evil Genius 看到最近的反饋，大家似乎對相親的事情很感興趣啊，??，但是大家別光顧笑啊，女孩子想想自己30多歲會不會也是這樣，男孩子30多了想想遇到這樣的女人該...
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新年第一彈,聊聊Visium HD作者,Evil Genius 新的一年,對于單細胞空間來講,一開始就是被Visium HD搶走了風頭,各個公司的推文鋪天蓋地而來,我的第一反應是,華大空間平臺問世的時候,國內(nèi)...
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【R畫圖學習13.4】散點圖---單細胞不同亞群火山圖下面這個圖是我在單細胞相關文章中見過的，也算是火山圖的變種?？梢钥闯鯴軸是不同的細胞類型，Y軸是marker基因的fold change（log2）,但是不同類別之間他們是不...
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單細胞亞群差異基因火山圖單細胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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單細胞轉錄組之Scanpy - 軌跡推斷/擬時序分析什么是擬時序分析？擬時序（pseudotime）分析，又稱細胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程。我...
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單細胞轉錄組流程三：超詳細！Scanpy打通單細胞常規(guī)流程有人可能會說：單細胞分析使用Seurat，monocle等R包會更加方便。但是實際分析中,測試情況是當細胞量大于5萬時。一般小型服務器內(nèi)存很容易不足，這時候請不要過多嘗試使用...
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細胞通訊分析【一】——CellChat上游分析本期內(nèi)容已同步分享至單細胞天地 細胞通訊是指細胞與細胞之間的聯(lián)系。細胞和人類一樣，多細胞生物的很多細胞會相互作用，形成“細胞社會”，在這個社會里，細胞與細胞之間會發(fā)生相互作用...
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CellChat 三部曲2：使用CellChat 對多個數(shù)據(jù)集細胞通訊進行比較分析CellChat 三部曲2：使用CellChat 對多個數(shù)據(jù)集細胞通訊進行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...
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CellChat 三部曲3：具有不同細胞類型成分的多個數(shù)據(jù)集的細胞通訊比較分析
CellChat 三部曲3：具有不同細胞類型成分的多個數(shù)據(jù)集的細胞通訊比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 第一部分：比較分析具...
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單細胞WGCNA分析(1)我在前面也分享過幾篇關于WGCNA的帖子，其實WGCNA本身就是對基因進行了加權共表達，合理分組的結果。 如果對于一個表達量矩陣，本身就至于2個分組，WT和處理，那么簡單的差...
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Seurat4.0系列教程22：空間轉錄組的分析、可視化與整合Seurat4.0系列教程告一段落，但這決不是終點。這個系列教程是給大家打開一扇窗，讓大家知道Seurat4.0有這些功能可用，少走彎路。后續(xù)還要自己深入研究。學，然后知不足...
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scATAC分析神器ArchR初探-scRNA-seq確定細胞類型（8）scATAC分析神器ArchR初探-簡介（1）[http://www.itdecent.cn/p/90ccb3d24322]scATAC分析神器ArchR初探-ArchR進...
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使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第十六章)本文首發(fā)于我的個人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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?? funkyheatmap | 用這個包來完美復刻Nature Biotechnology的高顏值神圖吧！~寫在前面 天氣開始暖和了??，發(fā)現(xiàn)旅游的人好多?。?? 不知道自己什么時候能有時間出去看看外面的世界，實在是太忙了。?? 最近用到的有個包感覺很不錯，分享給大家，funkyhe...
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跟著Nature Communications學作圖 -- 復雜百分比柱狀圖從這個系列開始，師兄就帶著大家從各大頂級期刊中的Figuer入手，從仿照別人的作圖風格到最后實現(xiàn)自己游刃有余的套用在自己的分析數(shù)據(jù)上！這一系列絕對是高質量！還不趕緊點贊+在看...
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生信 | scATAC-Seq數(shù)據(jù)獲?。ǔ靤ra轉fq）部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac]，但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析（軟件安裝 + 數(shù)據(jù)獲取 + c...
