在進(jìn)行差異基因表達(dá)分析時(shí)，得到顯著差異基因后，接下來(lái)就需要分析這些基因參與了哪些功能，常見(jiàn)的就是GO功能注釋和KEGG通路富集分析，今天為大家介紹在線分析工具的使用——DAV...
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GO、KEGG富集分析——DAVID與KOBAS在線分析工具 -
近日二三感悟 - 感同身受
落在一個(gè)人一生中的雪，我們不能全部看見(jiàn)。 我突然想起了一個(gè)詞 -- 感同身受。事實(shí)上，這明顯是沒(méi)人能過(guò)做到。但一直讓人不明白的，或許是這個(gè)詞，又為什么存在？ 沒(méi)有人能做到感同...
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18年的畢業(yè)季
轉(zhuǎn)眼間，又到了畢業(yè)季。昨天晚上熊分享了他跟高富帥發(fā)小的聊天心得，總結(jié)工作與讀博的相似之處和不容易。今天下午聽(tīng)了宋立榮老師和甘南琴老師的兩個(gè)學(xué)生的博士答辯，頗感不易，其中酸甜苦...
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根據(jù)轉(zhuǎn)錄本尋找可能的生物學(xué)功能信息劉小澤寫(xiě)于19.2.17依然是很容易上手的小工具得到了組裝的轉(zhuǎn)錄本，就可以根據(jù)這個(gè)去找潛在的生物學(xué)相關(guān)信息，比如編碼區(qū)預(yù)測(cè)、注釋等 利用TransDecoder 這個(gè)工具可以...
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GO注釋結(jié)果整理對(duì)于非模式生物或者無(wú)參考基因組的項(xiàng)目，經(jīng)常需要進(jìn)行基因的功能注釋，而GO注釋是基因功能注釋的重要部分。有很多軟件能夠獲得GO注釋的信息，例如interproscan、eggn...
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解決R markdown 圖片顯示不完整R markdown功能多多 可以用網(wǎng)頁(yè)HTML、PDF、Word等多種展示方式。做presentation非常有用，文件小，內(nèi)容大。最近我想做一個(gè)R Markdown寫(xiě)一些...
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學(xué)習(xí)方案：如何才能入門(mén)生信？按我前面文章繼續(xù)反思：如何才能入門(mén)生信？中提到的學(xué)習(xí)方案執(zhí)行。 總的方案： 孟老師推薦關(guān)于最后一部分的四大切入點(diǎn)，最后是把幾個(gè)不同的Seq的過(guò)程細(xì)節(jié)都了解一下。 第一部分：l...
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用ggplot2做富集分析氣泡圖數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 富集分析軟件由于做的材料不是模式植物，用clusterProfiler上面配置起來(lái)有點(diǎn)困難，最要命的是基因組數(shù)據(jù)庫(kù)并沒(méi)有上傳NCBI，無(wú)法用OrgDb，當(dāng)然也可以自...
