在RNA-seq的分析中，需要對(duì)基因或者轉(zhuǎn)錄本的read counts數(shù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化過(guò)程。因?yàn)槁湓谝粋€(gè)基因區(qū)域內(nèi)的read counts取決于基因長(zhǎng)度和測(cè)序深度。當(dāng)基因長(zhǎng)度越長(zhǎng)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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RPKM/FPKM/TPM在RNA-seq分析中的標(biāo)準(zhǔn)化流程 -
從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載數(shù)據(jù)
從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中下載數(shù)據(jù)的方法有多種，常用的方法有：1.從TCGA官網(wǎng)直接下載（數(shù)據(jù)量小的話可行，數(shù)據(jù)量太大就pass）2.用TCGA官方工具gdc-client下載3.用...
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數(shù)據(jù)挖掘20210115學(xué)習(xí)筆記富集分析：GO、KEGG id轉(zhuǎn)換：bitr() 輸入數(shù)據(jù)：差異基因的entrezid；所有基因的entrezid KEGG GO 處理GEO數(shù)據(jù) 代碼分析流程 *探針注釋?zhuān)?..
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數(shù)據(jù)挖掘20210114學(xué)習(xí)筆記GEO數(shù)據(jù)挖掘 圖表介紹 1.熱圖 ·輸入數(shù)據(jù)是數(shù)值型矩陣\數(shù)據(jù)框·顏色的變化表示熟知的大小 2.散點(diǎn)圖和箱線圖 箱線圖：輸入數(shù)據(jù)是一個(gè)數(shù)值型向量和一個(gè)字符串向量（重復(fù)值）箱...
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生信技能樹(shù)，生信菜鳥(niǎo)團(tuán)，jimmy
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數(shù)據(jù)挖掘20210112學(xué)習(xí)筆記
tidyr 核心函數(shù) 一、數(shù)據(jù)清理 扁變長(zhǎng)(gather-spread) 長(zhǎng)變扁 二、分割和合并(separate-unite) 分割 合并 三、處理NA 去掉含有NA的行,...
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數(shù)據(jù)挖掘20210111學(xué)習(xí)筆記R語(yǔ)言作圖 低級(jí)繪圖函數(shù)建立在高級(jí)繪圖函數(shù)基礎(chǔ)上，不能單獨(dú)使用 ggplot2語(yǔ)法 1.入門(mén)級(jí)繪圖模板2.映射-顏色、大小、透明度、形狀3.分面4.幾何對(duì)象5.統(tǒng)計(jì)變換6.位...
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數(shù)據(jù)挖掘20210108學(xué)習(xí)筆記函數(shù) 函數(shù)與參數(shù) (1)形式參數(shù)與實(shí)際參數(shù) (2)寫(xiě)函數(shù)的函數(shù) function(){ } (3)默認(rèn)參數(shù)：作者會(huì)設(shè)計(jì)很多參數(shù)，但只有前1~n個(gè)是必須填的，其他的參數(shù)都有默認(rèn)...
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數(shù)據(jù)挖掘20210107學(xué)習(xí)筆記數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) Vector向量—一維 Matrix矩陣—二維 矩陣：長(zhǎng)度相同、數(shù)據(jù)類(lèi)型相同；數(shù)據(jù)框：長(zhǎng)度相同、數(shù)據(jù)類(lèi)型可以不相同 List列表 列表：長(zhǎng)度可以不同、數(shù)據(jù)類(lèi)型可以不...
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數(shù)據(jù)挖掘20210105學(xué)習(xí)筆記對(duì)單個(gè)向量進(jìn)行的操作 （1）賦值給一個(gè)變量名，用“=”或“<-” （2）簡(jiǎn)單數(shù)學(xué)計(jì)算 （3）根據(jù)某條件進(jìn)行判斷，生成邏輯值向量 （4）初級(jí)統(tǒng)計(jì) 對(duì)兩個(gè)向量進(jìn)行的操作 （1）邏...
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數(shù)據(jù)挖掘20210104學(xué)習(xí)筆記通過(guò)學(xué)習(xí)生信技能樹(shù)的課程，使我受益匪淺，為了更好的理解生信技能樹(shù)小潔老師的講解，我開(kāi)始陸續(xù)上傳課堂筆記，以便將來(lái)查找使用。 R與Rstudio 1.在Rstudio中新建項(xiàng)目...
