2021-06-26 一. 為什么要做基因組Survey? Survey分析要做什么數(shù)據(jù)準(zhǔn)備？（1）QC方法介紹（2）NT方法介紹 1.為什么要進(jìn)行Survey分析？2.Su...
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基因組Survey(二代測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控） -
批量下載SRR數(shù)據(jù)直接看本文最下面下載腳本，區(qū)分SRR長(zhǎng)度，下載fq 一、prefetch 下載 cat SraAccList.txt 二、 Ascp 快速下載 批量下載 ，首先創(chuàng)建一個(gè)ac...
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結(jié)構(gòu)變異SV的鑒定--smartie-sv與bayestyper
最近一直在折騰結(jié)構(gòu)變異SV的鑒定，SV的鑒定軟件雖然很多，但是在最近的兩篇基因組文章里面，主要用的是smartie-sv和bayesTyper，其中smartie-sv主要用...
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bcftools call snp
之前call snp 都是用samtool mpileup 以及bcftools view進(jìn)行，但是版本更新忒快，故現(xiàn)在可直接使用bcftools mpileup 以及 bc...
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2020年3月8日陰北京2020年3月8日，這幾天我的心情很不好。又或是今天，3月8日。原先的婦女節(jié)，在現(xiàn)在被叫做女神節(jié)。是呀，又是節(jié)日，心生不快，因?yàn)?，我眼前的這個(gè)人，很少很少會(huì)主動(dòng)送我禮物，更是...
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參考基因組及注釋下載
現(xiàn)有比對(duì)工具在做mapping之前，都需要下載對(duì)應(yīng)物種的參考基因組做index，而如何選擇合適的參考基因組是一件非常重要的事情。 現(xiàn)有的參考基因組存儲(chǔ)網(wǎng)站三個(gè)： UCSC 的...
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常用生物信息學(xué)分析在線網(wǎng)址生物信息學(xué)分析和作圖是科研狗們的必備技能。近幾年，隨著數(shù)據(jù)類型的增多，excel、SPSS等常用軟件已經(jīng)不能滿足科研需求了。R語(yǔ)言以其方便、快捷的優(yōu)勢(shì)，迅速獲得許多編程技術(shù)不...
