Interpro數(shù)據(jù)庫 Interpro是集成了蛋白質(zhì)家族、結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)的非冗余蛋白質(zhì)特征序列數(shù)據(jù)庫, Interpro數(shù)據(jù)庫成員包括Coils 、Gene3D、Pfam...
Interpro數(shù)據(jù)庫 Interpro是集成了蛋白質(zhì)家族、結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)的非冗余蛋白質(zhì)特征序列數(shù)據(jù)庫, Interpro數(shù)據(jù)庫成員包括Coils 、Gene3D、Pfam...
對(duì)于非模式生物或者無參考基因組的項(xiàng)目,經(jīng)常需要進(jìn)行基因的功能注釋,而GO注釋是基因功能注釋的重要部分。有很多軟件能夠獲得GO注釋的信息,例如interproscan、eggn...
利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時(shí),發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒有物種包OrgDb,利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個(gè)。主要參考了劉小澤的簡書,特別感謝一下?。。?emapper首先得到注釋...
劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析,就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類,OrgDb就是存儲(chǔ)不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對(duì)應(yīng)關(guān)系,以及基因與G...
做植物是一件比較艱苦的事情,不但資源少,而且有限的資源未必還能用的好,就拿Bioconductor上的注釋包來說吧,我在「Bioconductor」不要輕易相信Annotat...
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
1.構(gòu)建DESeq2對(duì)象 (1)從SummarizedExperiment對(duì)象構(gòu)建DESeqDataSet對(duì)象 se為RangedSummarizedExperiment對(duì)象...
知識(shí)的學(xué)習(xí)沒有一蹴而就,沒有捷近,扎實(shí)的學(xué)習(xí)是唯一的捷近。 一篇RNA-seq分析流程的綜述,全面而詳細(xì)!深度好文,可用來反復(fù)閱讀。初學(xué)者用于把握RNA-seq真?zhèn)€流程及各個(gè)...