Interpro數(shù)據(jù)庫 Interpro是集成了蛋白質(zhì)家族、結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)的非冗余蛋白質(zhì)特征序列數(shù)據(jù)庫， Interpro數(shù)據(jù)庫成員包括Coils 、Gene3D、Pfam...
發(fā)簡信
IP屬地：內(nèi)蒙古自治區(qū)
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interpro 注釋結(jié)果簡單分析及可視化 -
GO注釋結(jié)果整理對(duì)于非模式生物或者無參考基因組的項(xiàng)目，經(jīng)常需要進(jìn)行基因的功能注釋，而GO注釋是基因功能注釋的重要部分。有很多軟件能夠獲得GO注釋的信息，例如interproscan、eggn...
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自己構(gòu)建物種包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒有物種包OrgDb，利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個(gè)。主要參考了劉小澤的簡書，特別感謝一下?。。?emapper首先得到注釋...
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測(cè)序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲(chǔ)不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對(duì)應(yīng)關(guān)系，以及基因與G...
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「Bioconductor」讓我們愉快的為自己做一個(gè)物種包吧
做植物是一件比較艱苦的事情，不但資源少，而且有限的資源未必還能用的好，就拿Bioconductor上的注釋包來說吧，我在「Bioconductor」不要輕易相信Annotat...
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葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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DESeq2詳細(xì)用法1.構(gòu)建DESeq2對(duì)象 （1）從SummarizedExperiment對(duì)象構(gòu)建DESeqDataSet對(duì)象 se為RangedSummarizedExperiment對(duì)象...
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RNA-seq 數(shù)據(jù)分析最佳實(shí)戰(zhàn)（綜述）知識(shí)的學(xué)習(xí)沒有一蹴而就，沒有捷近，扎實(shí)的學(xué)習(xí)是唯一的捷近。 一篇RNA-seq分析流程的綜述，全面而詳細(xì)！深度好文，可用來反復(fù)閱讀。初學(xué)者用于把握RNA-seq真?zhèn)€流程及各個(gè)...
