Interpro數(shù)據(jù)庫 Interpro是集成了蛋白質(zhì)家族、結(jié)構(gòu)域和功能位點的非冗余蛋白質(zhì)特征序列數(shù)據(jù)庫， Interpro數(shù)據(jù)庫成員包括Coils 、Gene3D、Pfam...
發(fā)簡信
IP屬地：內(nèi)蒙古自治區(qū)
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interpro 注釋結(jié)果簡單分析及可視化 -
GO注釋結(jié)果整理對于非模式生物或者無參考基因組的項目，經(jīng)常需要進行基因的功能注釋，而GO注釋是基因功能注釋的重要部分。有很多軟件能夠獲得GO注釋的信息，例如interproscan、eggn...
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自己構(gòu)建物種包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進行富集分析時，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒有物種包OrgDb，利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個。主要參考了劉小澤的簡書，特別感謝一下?。?！ emapper首先得到注釋...
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測序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個基因?qū)裁礃拥腉O/KEGG分類，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對應關(guān)系，以及基因與G...
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「Bioconductor」讓我們愉快的為自己做一個物種包吧
做植物是一件比較艱苦的事情，不但資源少，而且有限的資源未必還能用的好，就拿Bioconductor上的注釋包來說吧，我在「Bioconductor」不要輕易相信Annotat...
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葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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DESeq2詳細用法1.構(gòu)建DESeq2對象 （1）從SummarizedExperiment對象構(gòu)建DESeqDataSet對象 se為RangedSummarizedExperiment對象...
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RNA-seq 數(shù)據(jù)分析最佳實戰(zhàn)（綜述）知識的學習沒有一蹴而就，沒有捷近，扎實的學習是唯一的捷近。 一篇RNA-seq分析流程的綜述，全面而詳細！深度好文，可用來反復閱讀。初學者用于把握RNA-seq真?zhèn)€流程及各個...
