從我寫的RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋中提取出來這部分，方便以后修改補充 參...
發(fā)簡信
IP屬地：西藏
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R包biomaRt: 轉(zhuǎn)換ID、注釋基因、GO通路 -
有了TPM，怎么做基因表達分析、相關(guān)性分析和主成分分析TPM是RNAseq測序結(jié)果里很好的歸一化表達矩陣，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多測序公司也開始用TPM作為基因定量單位進行分析了，基因表達分布、相關(guān)性系數(shù)和主...
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跟著Cell學單細胞轉(zhuǎn)錄組分析(八):單細胞轉(zhuǎn)錄組差異基因分析及多組結(jié)果可視化
接著單細胞下游分析： 從Cell學單細胞轉(zhuǎn)錄組分析(一):開端?。?！[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid...
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R語言ggplot2添加統(tǒng)計學顯著性
用到 函數(shù)兩種用法： 一、用aes函數(shù)映射 這個方法可以在組內(nèi)進行比較 二、用comparison添加 這個只能在組間進行比較，comparison的賦值必須是x軸上的值“長...
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解決pRRophetic R包報錯：Error in if (class(testExprData) != "matrix") stop("ERROR: "testExprData" must ...今天用pRRophetic R包時發(fā)現(xiàn)不能用了，出現(xiàn)Error in if (class(testExprData) != "matrix") stop("ERROR: \"...
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TCGA的微衛(wèi)星不穩(wěn)定性數(shù)據(jù)獲取和可視化1.背景知識 在一篇文章里看到了微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（Microsatellite Instability，MSI）與riskscore的關(guān)系圖，就去查了一下，很好的背景知識資料：...
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R語言分析6：TIDE評分TIDE（http://tide.dfci.harvard.edu/[http://tide.dfci.harvard.edu/]）代表腫瘤免疫功能障礙和排斥，用于評估免疫療...
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R ESTIMATE計算免疫基質(zhì)得分以及腫瘤純度ESTIMATE計算免疫基質(zhì)得分以及腫瘤純度 1.概述 Estimate根據(jù)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來計算免疫基質(zhì)得分，也可得到腫瘤樣本的腫瘤純度 其原理本質(zhì)上是先收集好免疫基因集和基質(zhì)基...
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Kaplan-Meier生存分析的結(jié)果解讀和繪制方法1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一種單因素生存分析，它可用于研究1個因素對于生存時間的影響。參考：生存分析之Kaplan-Meier曲線都告...
