0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型 -
作者你好,我還有一個(gè)問題是,我發(fā)現(xiàn)我的ANGES.out文件中有負(fù)數(shù),這是代表方向嗎,包含負(fù)數(shù)的我如何處理,因?yàn)樽詈髨?zhí)行如CAR.01.sh的腳本中有負(fù)數(shù)的會(huì)報(bào)錯(cuò),以及10.24向您請教的問題我現(xiàn)在理解了,原來是祖先染色體在物種中的分布,那有辦法得到祖先染色體的序列嗎
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宏基因組學(xué)/群體遺傳學(xué) 方向
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@深山夕照深秋雨OvO 就是,我的理解是:我九個(gè)物種是同一個(gè)祖先,我最后出的圖不一樣就是同一個(gè)組先的圖嗎,那不應(yīng)該是合并起來畫一個(gè)統(tǒng)一的圖嗎(雖然我知道肯定不對,我這里僅闡述思路哈),不然我每個(gè)物種都畫一個(gè)圖?那我前面分析的那些比如把多個(gè)物種cat到一起難道不是為了后面找到同一個(gè)祖先染色體而做的準(zhǔn)備嗎?作者大大您大概能理解我的疑惑之處嗎
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@深山夕照深秋雨OvO 您好,一一對應(yīng)來畫是比如sppA.kary對應(yīng)sppA.end是嗎,因?yàn)槲铱茨@代碼里寫的是sppA.kary對應(yīng)sppB.end,我最終得到spp1.kary,spp1.end,....spp9.kary,spp9.end,我在一一作圖之后,哪個(gè)才是我要的結(jié)果呢?
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按您的步驟做下來,最后得到了9個(gè).kary和9個(gè).end文件,是一一對應(yīng)來畫嗎?
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作者你好,我有9個(gè)物種,按你的命名來說是sppA到spp某某,那您最后這個(gè)繪圖是只能一個(gè)一個(gè)畫嗎?難道不是合并起來?但是由于我9個(gè)物種內(nèi)部染色體都是不一樣的,我該怎么統(tǒng)一這個(gè)結(jié)果呢,我是有三個(gè)想要分析的物種,還有3個(gè)近緣和3個(gè)遠(yuǎn)緣,目的是想找祖先染色體
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