通常來說，真核生物的基因，這里主要指的是植物gene的克隆，常以cDNA為模板進(jìn)行克隆。這就有個問題，很多同學(xué)想要的基因嘗試克隆了N多次都拿不到，這就很惱火，連基因都拿不到，...
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為什么想要的gene克隆了n多次都得不到？是不是應(yīng)該考慮下反轉(zhuǎn)錄……
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轉(zhuǎn)錄組分析學(xué)習(xí)筆記---文件結(jié)構(gòu)和類型
轉(zhuǎn)錄組分析學(xué)習(xí)筆記---文件結(jié)構(gòu)和類型 BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列必選;另外還可以添加額外的9列可選，這些列的順序是固定的。...
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技巧（1）——利用SnapGene構(gòu)建載體，模擬基因克隆，酶切，連接及電泳檢測做實驗嘛，時間和精力的合理分配很重要，利用有限的時間高效完成各項實驗的準(zhǔn)備工作就顯得尤其必要。畢竟需要把更多的時間花在研究文獻(xiàn)上面，然后仔細(xì)驗證實驗思路，最后快快的做實驗。 ...
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Original tree 和 bootstrap tree 區(qū)別聯(lián)系
丁香園“花脫[https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/profile/1016288]”答主： Original Tree 是步長檢驗構(gòu)建的 N次株...
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進(jìn)化樹美化軟件：itol 直接百度搜就可以了，注冊一下即可使用。可以上傳樹文件，也可以在MEGA中導(dǎo)出Newick文件，復(fù)制過去itol也可以生成原始進(jìn)化樹。 點進(jìn)去之后就可以去美化樹...
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python統(tǒng)計cds序列中不同密碼子的個數(shù)
需求 給定cds序列，統(tǒng)計不同的密碼子出現(xiàn)的頻率。首先需要將fasta序列以3位單位分割 找到了一個辦法https://www.jb51.net/article/139207...
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密碼子偏向性的ENC-plot使用R語言的ggplot2包繪制密碼子偏向性分析中的ENC-plot 到這一步有人遇到報錯Error: `mapping` must be created by `aes()...
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多序列比對,進(jìn)化樹分析,motif預(yù)測,密碼子偏好性分析(1)多序列比對,進(jìn)化樹分析,motif預(yù)測,密碼子偏好性分析(2) 前言：假如類鼻疽桿菌中發(fā)現(xiàn)有一個感興趣的gene，想查看此gene在各類鼻疽菌株甚至原核生物和真核生物中是否也...
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RNAseq-踩坑02 -- Aligment 比對率低RNAseq的第二步就是Aligment, 一般都是有參考基因組的比對，據(jù)同事介紹，比對這一步，比對率再80%以上才算是正常的，很多樣本的比對結(jié)果都能達(dá)到90%以上。 然而，...
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同源基因概念（直系同源 vs旁系同源 ）分子進(jìn)化與系統(tǒng)發(fā)生 拉馬提出進(jìn)廢退理論。他說生物經(jīng)常使用的器官會逐漸發(fā)達(dá)，不經(jīng)常使用的器官會逐漸退化。而且這種后天獲得的性狀是可以遺傳的，因此生物可以把后天鍛煉的成果遺傳給下...
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基因家族分析--需要分析什么
1、搜索基因家族成員蛋白保守結(jié)構(gòu)域，鑒定基因家族成員； 2、預(yù)測基因家族成員的順勢作用元件； 3、構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育樹； 4、基因家族成員MOTIF分析及繪圖； 5、基因結(jié)構(gòu)圖...
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轉(zhuǎn)錄組解釋轉(zhuǎn)載三四十頁的轉(zhuǎn)錄組的測序報告不知該如何入手，眾多分析結(jié)果不知該關(guān)注哪些？今天我們就從RPKM到KEGG，慢慢給你講解。 01 什么是RPKM值？ 02 如何看懂火山圖？ 03 ...
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轉(zhuǎn)錄組分析(6) - 基因注釋目的 基因功能的注釋依賴于基因結(jié)構(gòu)或者序列，將基因序列或蛋白序列和主流數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對獲取該基因的功能信息，最終對預(yù)測的編碼基因進(jìn)行功能注釋，從而了解相關(guān)生物學(xué)意義。 做法 E...
