@Miaoxx 說明你還不會安裝R包，這個包作為GDC官方唯一推薦的R包，是不可能安裝不了的哈
新版TCGA的突變SNP數(shù)據(jù)下載和整理關(guān)于TCGAbiolinks包的學習前面一共介紹了5篇推文。 今天繼續(xù)學習如何使用TCGAbiolinks下載和整理MAF格式的突變數(shù)據(jù)。 之前的TCGA的MAF文件是可以下...
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R機器學習mlr3：超參數(shù)調(diào)優(yōu)
很多人戲稱調(diào)參的過程就像是"煉丹"！確實差不多，而且很多時候你調(diào)整后的結(jié)果可能還不如默認的結(jié)果好！這就好比打游戲，"一頓操作猛如虎，一看戰(zhàn)績0比5"！ 模型調(diào)優(yōu)一定要基于對算...
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R機器學習mlr3：模型評價和比較
前面一篇介紹了如何使用mlr3創(chuàng)建任務(wù)和學習器、擬合模型、預(yù)測和簡單的評價，本篇將模型評價的一些細節(jié)問題，展示mlr3如何使得這些步驟變得更加簡單！ 二分類變量和ROC曲線 ...
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新版TCGA的突變SNP數(shù)據(jù)下載和整理關(guān)于TCGAbiolinks包的學習前面一共介紹了5篇推文。 今天繼續(xù)學習如何使用TCGAbiolinks下載和整理MAF格式的突變數(shù)據(jù)。 之前的TCGA的MAF文件是可以下...
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新版TCGA表達矩陣整理簡單版很多人因為網(wǎng)絡(luò)原因不能使用TCGAbiolinks這個神包下載TCGA的RNA-seq數(shù)據(jù)，只能通過瀏覽器訪問GDC TCGA的官網(wǎng)進行下載，而下載后得到的是一個個文件夾，對...
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TCGA新版數(shù)據(jù)差異分析上一篇文章里面簡單學習了一下表達矩陣的提取，順便探索了一下SummarizedExperiment對象。 今天學習下用TCGAbiolinks做差異分析。 加載R包和數(shù)據(jù) 首...
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R語言方差分析本文首發(fā)于公眾號：醫(yī)學和生信筆記，完美觀看體驗請至公眾號查看本文。醫(yī)學和生信筆記，專注R語言在臨床醫(yī)學中的使用，R語言數(shù)據(jù)分析和可視化。 這是R語言和醫(yī)學統(tǒng)計學的第2篇內(nèi)容。...
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決策曲線分析DCA用于lasso回歸/隨機森林本文首發(fā)于公眾號：醫(yī)學和生信筆記 醫(yī)學和生信筆記，專注R語言在臨床醫(yī)學中的使用，R語言數(shù)據(jù)分析和可視化。主要分享R語言做醫(yī)學統(tǒng)計學、meta分析、網(wǎng)絡(luò)藥理學、臨床預(yù)測模型、機...
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R語言卡方檢驗大全本文首發(fā)于公眾號：醫(yī)學和生信筆記 醫(yī)學和生信筆記，專注R語言在臨床醫(yī)學中的使用，R語言數(shù)據(jù)分析和可視化。主要分享R語言做醫(yī)學統(tǒng)計學、meta分析、網(wǎng)絡(luò)藥理學、臨床預(yù)測模型、機...
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R語言t檢驗本文首發(fā)于公眾號：醫(yī)學和生信筆記 醫(yī)學和生信筆記，專注R語言在臨床醫(yī)學中的使用，R語言數(shù)據(jù)分析和可視化。主要分享R語言做醫(yī)學統(tǒng)計學、meta分析、網(wǎng)絡(luò)藥理學、臨床預(yù)測模型、機...
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TCGA新版數(shù)據(jù)庫表達矩陣提取本文首發(fā)于公眾號：醫(yī)學和生信筆記 醫(yī)學和生信筆記，專注R語言在臨床醫(yī)學中的使用，R語言數(shù)據(jù)分析和可視化。主要分享R語言做醫(yī)學統(tǒng)計學、meta分析、網(wǎng)絡(luò)藥理學、臨床預(yù)測模型、機...
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TCGA新版數(shù)據(jù)批量下載
眾所周知，TCGA數(shù)據(jù)庫改版了??！改的比之前更好用了！ 對于常規(guī)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，主要是以下幾點改變： 下載一次即可獲得counts、TPM、FPKM三種類型的表達矩陣，再也不用單...
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R機器學習mlr3：基礎(chǔ)使用本文首發(fā)于公眾號：醫(yī)學和生信筆記 醫(yī)學和生信筆記，專注R語言在臨床醫(yī)學中的使用，R語言數(shù)據(jù)分析和可視化。主要分享R語言做醫(yī)學統(tǒng)計學、meta分析、網(wǎng)絡(luò)藥理學、臨床預(yù)測模型、機...
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R機器學習mlr3：開篇mlr3簡介 mlr3包和其擴展包為R語言提供了一個統(tǒng)一的、面向?qū)ο蟮?、可擴展的機器學習框架，可用于回歸、分類、生存分析和其他機器學習任務(wù)。mlr3并沒有引入新的機器學習算法...