前言 lncRNA產(chǎn)品系列上篇介紹了lncRNA的富集和高通量測(cè)序,重點(diǎn)闡述了如何針對(duì)lncRNA的結(jié)構(gòu)特征,采用合適的富集方法盡可能多地富集到lncRNA,并在其后的實(shí)驗(yàn)操...
1Yuan Y, Zhang W, Liu C, He Y, Zhang H, Xu L, Yang B, Zhao Y, Ma Y, Chu M et al: Genome...
做完RNA-Seq測(cè)序之后,往往會(huì)用QPCR來(lái)驗(yàn)證一下結(jié)果。 因?yàn)镽NA-Seq測(cè)序數(shù)據(jù)得到的結(jié)果作為定量參考,參數(shù)的改變也會(huì)造成結(jié)果的不同。所以需要進(jìn)行qPCR驗(yàn)證,表達(dá)水...
轉(zhuǎn)錄組的組裝能夠提供豐富的組學(xué)信息,是生物信息學(xué)中重要的基礎(chǔ)步驟。測(cè)序的下機(jī)數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)過(guò)濾,比對(duì),排序,組裝,最終得到轉(zhuǎn)錄本的全部序列信息。下面我們以稻瘟菌測(cè)序數(shù)據(jù)SRR081...
1.導(dǎo)入三張表(表達(dá)矩陣、樣本信息表、基因信息表) 1.1 表達(dá)矩陣 都是有兩種導(dǎo)入方法,這里只交代代碼導(dǎo)入 1.2 樣本信息表 需要注意的是,樣本信息表中的行名一定一定要與...
請(qǐng)問(wèn)我數(shù)據(jù)量大,服務(wù)器的代碼有嗎,想學(xué)習(xí)一下
WGCNA分析 | 全流程分析代碼 | 代碼一注意:今天的教程比較長(zhǎng),請(qǐng)規(guī)劃好你的時(shí)間。本文是付費(fèi)內(nèi)容,在本文文末有本教程的全部的代碼和示例數(shù)據(jù)。 輸出結(jié)果 分析代碼 關(guān)于WGCNA分析,如果你的數(shù)據(jù)量較大,建議使用服務(wù)...
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請(qǐng)問(wèn)一下,我前面上機(jī)測(cè)序后,拿到clean date,已經(jīng)進(jìn)行了一遍參考基因組比對(duì),拼接,合并,定量,定量過(guò)程中我選擇的是原有的gtf文件,但是我現(xiàn)在想做lncRNA分析,是不是可以理解為,我只需要用合成的merge.gtf做一遍定量,然后接著往下走就可以了
lncRNA分析處理原始數(shù)據(jù)文件 rawdata質(zhì)控 統(tǒng)計(jì)cleandatabase 建立索引 hisat2比對(duì) 排序 統(tǒng)計(jì)比對(duì)率 stringTie組裝 合并轉(zhuǎn)錄本 定量 ballgrow...