發(fā)簡信
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生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因
在探究功能基因的時候，我們經(jīng)常需要對所研究的基因/蛋白質(zhì)進(jìn)行聚類分組，逐個類群探究蛋白功能。創(chuàng)建同源群可以采用Otrhofinder軟件，該軟件...
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生信步驟|EffectorP批量預(yù)測病原物效應(yīng)子EffectorP軟件利用機(jī)器學(xué)習(xí)原理，通過事先收集已知的效應(yīng)子制備訓(xùn)練集，從而實現(xiàn)病原真菌和卵菌的效應(yīng)子預(yù)測[1]。 EffectorP發(fā)展史...
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生信步驟|原核生物基因組注釋--Prokka
全基因組注釋是鑒定生物基因組特征的過程。Prokka是一個適用于原核生物基因組注釋工具，可以注釋細(xì)菌，古菌和病毒基因組。Prokka在預(yù)測基因組...
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生信步驟｜MAFFT結(jié)合HMMER進(jìn)行多序列比對和基于隱馬模型的基因搜索蛋白質(zhì)都是由相似的小型結(jié)構(gòu)域組成的。如果我們有若干個已知的蛋白序列，那我們就可以根據(jù)這些蛋白序列比較其含有的保守域，尋找在蛋白數(shù)據(jù)庫中上是否也有...
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生信步驟|轉(zhuǎn)錄組mRNA數(shù)據(jù)的有參組裝轉(zhuǎn)錄組的組裝能夠提供豐富的組學(xué)信息，是生物信息學(xué)中重要的基礎(chǔ)步驟。測序的下機(jī)數(shù)據(jù)經(jīng)過過濾，比對，排序，組裝，最終得到轉(zhuǎn)錄本的全部序列信息。下面我...
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生信步驟|kmc+genomescope進(jìn)行基因組調(diào)查在組裝未知基因組時，往往需要利用重測序數(shù)據(jù)提前進(jìn)行基因組調(diào)查，以獲取其基因組規(guī)模，雜合率，重復(fù)序列比例，GC含量等信息。從而更好地擬定后繼測序策...
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每周文獻(xiàn)|小麥白粉病擴(kuò)展與全球貿(mào)易人類活動與病原物的擴(kuò)散息息相關(guān)。馴化和育種事件會加速病原物群體擴(kuò)張。小麥白粉病是由白粉病真菌(Blumeria graminis f. sp. ...
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遺傳統(tǒng)計|MSMC推斷群體歷史動態(tài)Multiple Sequentially Markovian Coalescent (MSMC)是一種利用馬爾可夫模型推斷群體動態(tài)歷史和群體結(jié)...
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每周文獻(xiàn)|馬鈴薯泛基因組揭示進(jìn)化歷史馬鈴薯是全球性的重要作物，目前商業(yè)種植主要采用的是同源四倍體馬鈴薯塊莖，運輸和種植都多有不便。因此如果能使用二倍體馬鈴薯種子種植將會降低種植成本...
個人介紹
中科院遺傳發(fā)育所在讀博士，研究水稻。關(guān)注植物免疫和群體遺傳進(jìn)化，經(jīng)常摸魚學(xué)生信。同名CSDN分享代碼，歡迎圍觀~