@吳糖氣泡水_84f9 你好，這里只是學(xué)習(xí)了計(jì)算的原理，但代碼還沒有實(shí)操過~
遺傳統(tǒng)計(jì)|MSMC推斷群體歷史動(dòng)態(tài)Multiple Sequentially Markovian Coalescent (MSMC)是一種利用馬爾可夫模型推斷群體動(dòng)態(tài)歷史和群體結(jié)構(gòu)的算法。能夠通過輸入基因組序...
發(fā)簡信
IP屬地：吉林
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關(guān)于禁止利用簡書平臺(tái)開展非法虛擬貨幣業(yè)務(wù)的聲明近日，簡書平臺(tái)發(fā)現(xiàn)部分用戶利用平臺(tái)從事非法虛擬貨幣炒作等行為，為此簡書平臺(tái)開展了對(duì)非法虛擬貨幣業(yè)務(wù)的全面排查和治理，現(xiàn)就相關(guān)事項(xiàng)聲明如下： 簡書平臺(tái)堅(jiān)決禁止在平臺(tái)內(nèi)開展、參與...
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選擇壓力分析，從序列下載到結(jié)果繪圖選擇壓力及基因在進(jìn)化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇。 在遺傳學(xué)中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例。 一般認(rèn)為，同義...
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@Yorleleiyo 是的，這個(gè)目錄下會(huì)保存劃分到各個(gè)Orthogroup內(nèi)的全部序列
生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因
在探究功能基因的時(shí)候，我們經(jīng)常需要對(duì)所研究的基因/蛋白質(zhì)進(jìn)行聚類分組，逐個(gè)類群探究蛋白功能。創(chuàng)建同源群可以采用Otrhofinder軟件，該軟件安裝方便，運(yùn)行快速，調(diào)用簡單，...
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生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因
在探究功能基因的時(shí)候，我們經(jīng)常需要對(duì)所研究的基因/蛋白質(zhì)進(jìn)行聚類分組，逐個(gè)類群探究蛋白功能。創(chuàng)建同源群可以采用Otrhofinder軟件，該軟件安裝方便，運(yùn)行快速，調(diào)用簡單，...
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操作的話可以關(guān)注一下QTL-seq和MutMap兩款軟件，可以計(jì)算snp index和delta snp index。另外BSA的原理不是直接野生和突變混池，而是二者雜交后的子二代分離個(gè)體之間根據(jù)性狀進(jìn)行混池，建議再具體理解一下原理哈。Ryohei 2013年的一篇Plant journal推薦學(xué)習(xí)
遺傳統(tǒng)計(jì)|BSA-seq混合分組鑒定功能基因
分離體分組混合分析法（Bulked Sergeant Analysis, BSA）也稱為集群分離分析法或混合分組分析法，是從近等基因系分析法演變而來的。常規(guī)的育種通常從近等基...
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生信步驟|EffectorP批量預(yù)測(cè)病原物效應(yīng)子EffectorP軟件利用機(jī)器學(xué)習(xí)原理，通過事先收集已知的效應(yīng)子制備訓(xùn)練集，從而實(shí)現(xiàn)病原真菌和卵菌的效應(yīng)子預(yù)測(cè)[1]。 EffectorP發(fā)展史[2]：1.0版本最初在16年...
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生信步驟|原核生物基因組注釋--Prokka
全基因組注釋是鑒定生物基因組特征的過程。Prokka是一個(gè)適用于原核生物基因組注釋工具，可以注釋細(xì)菌，古菌和病毒基因組。Prokka在預(yù)測(cè)基因組CDS區(qū)域時(shí)采用了多種數(shù)據(jù)庫，...
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全基因組復(fù)制 WGD |（一）簡介
01 什么是全基因組復(fù)制 多倍化（polyploidy）或全基因加倍/復(fù)制（whole genome duplication, WGD）事件是指基因組內(nèi)的所有序列都發(fā)生重復(fù)，...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋1. 組裝基因組質(zhì)控 得到組裝好的基因組序列之后，首先要使用多種方法評(píng)估組裝質(zhì)量。這里用到2款可用于基因組組裝質(zhì)量評(píng)估的軟件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
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2021-03-26orthofinder尋找直系同源基因該文章引自 https://mp.weixin.qq.com/s/Jny5cTHqQh9yQx-cKQTWbA 謝謝原作者！ 1.OrthoFinder能做什么？ Ortho...
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基因家族分析（2）鑒定基因家族成員鑒定的主要方法為序列相似性比對(duì)和功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)。以苦蕎的MAPK基因家族的鑒定為例。 苦蕎基因組數(shù)據(jù)處理 下載并解壓后需要使用文件如下：基因組：FtChromos...
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生信步驟｜MAFFT結(jié)合HMMER進(jìn)行多序列比對(duì)和基于隱馬模型的基因搜索蛋白質(zhì)都是由相似的小型結(jié)構(gòu)域組成的。如果我們有若干個(gè)已知的蛋白序列，那我們就可以根據(jù)這些蛋白序列比較其含有的保守域，尋找在蛋白數(shù)據(jù)庫中上是否也有一樣保守域的蛋白。而后根據(jù)統(tǒng)計(jì)...
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生信步驟|轉(zhuǎn)錄組mRNA數(shù)據(jù)的有參組裝轉(zhuǎn)錄組的組裝能夠提供豐富的組學(xué)信息，是生物信息學(xué)中重要的基礎(chǔ)步驟。測(cè)序的下機(jī)數(shù)據(jù)經(jīng)過過濾，比對(duì)，排序，組裝，最終得到轉(zhuǎn)錄本的全部序列信息。下面我們以稻瘟菌測(cè)序數(shù)據(jù)SRR081...
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甘藍(lán)泛基因組中預(yù)測(cè)的抗性基因豐度的變化
Title： Variation in abundance of predicted resistance genes intheBrassica oleraceapange...
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diamond & blast：DNA蛋白序列比對(duì)
導(dǎo)讀 用query基因、DNA序列、16S擴(kuò)增子序列、蛋白序列比對(duì)基因注釋、物種注釋 、基因功能注釋數(shù)據(jù)庫。Blast準(zhǔn)確性高，速度慢。Diamond速度更快，常用于二代測(cè)序...
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蛋白保守結(jié)構(gòu)域和進(jìn)化樹常規(guī)的MEME和進(jìn)化樹可視化，以及其它基因結(jié)構(gòu)/注釋信息結(jié)合進(jìn)化樹可視化，TBtools已經(jīng)做的很好https://cloud.tencent.com/developer/a...
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什么 | 卡通熱圖，還有新玩法？！8月份，我們組織了一次「卡通熱圖」活動(dòng)，基本集齊「100」種植物的「卡通熱圖」。陸陸續(xù)續(xù)，可以看到不少優(yōu)秀的作品，比如最新的這幅花生卡通熱圖。 完美，真是好看。當(dāng)然，前面也提...
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WGCNA分析中TOMplot熱圖顏色設(shè)置前面給大家介紹了 ?[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum%3F_...
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聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關(guān)于共線性分析的微信/簡書推送，發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯(cuò)誤地描述為“全基因組共線性”。這是兩個(gè)完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
個(gè)人介紹
中科院遺傳發(fā)育所在讀博士，研究水稻。關(guān)注植物免疫和群體遺傳進(jìn)化，經(jīng)常摸魚學(xué)生信。同名CSDN分享代碼，歡迎圍觀~