@吳糖氣泡水_84f9 你好,這里只是學(xué)習(xí)了計(jì)算的原理,但代碼還沒有實(shí)操過~
遺傳統(tǒng)計(jì)|MSMC推斷群體歷史動(dòng)態(tài)Multiple Sequentially Markovian Coalescent (MSMC)是一種利用馬爾可夫模型推斷群體動(dòng)態(tài)歷史和群體結(jié)構(gòu)的算法。能夠通過輸入基因組序...
@吳糖氣泡水_84f9 你好,這里只是學(xué)習(xí)了計(jì)算的原理,但代碼還沒有實(shí)操過~
遺傳統(tǒng)計(jì)|MSMC推斷群體歷史動(dòng)態(tài)Multiple Sequentially Markovian Coalescent (MSMC)是一種利用馬爾可夫模型推斷群體動(dòng)態(tài)歷史和群體結(jié)構(gòu)的算法。能夠通過輸入基因組序...
近日,簡書平臺(tái)發(fā)現(xiàn)部分用戶利用平臺(tái)從事非法虛擬貨幣炒作等行為,為此簡書平臺(tái)開展了對(duì)非法虛擬貨幣業(yè)務(wù)的全面排查和治理,現(xiàn)就相關(guān)事項(xiàng)聲明如下: 簡書平臺(tái)堅(jiān)決禁止在平臺(tái)內(nèi)開展、參與...
選擇壓力及基因在進(jìn)化過程中所受到的壓力,也稱自然選擇。 在遺傳學(xué)中, Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率(Ks)之間的比例。 一般認(rèn)為,同義...
@Yorleleiyo 是的,這個(gè)目錄下會(huì)保存劃分到各個(gè)Orthogroup內(nèi)的全部序列
生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因在探究功能基因的時(shí)候,我們經(jīng)常需要對(duì)所研究的基因/蛋白質(zhì)進(jìn)行聚類分組,逐個(gè)類群探究蛋白功能。創(chuàng)建同源群可以采用Otrhofinder軟件,該軟件安裝方便,運(yùn)行快速,調(diào)用簡單,...
在探究功能基因的時(shí)候,我們經(jīng)常需要對(duì)所研究的基因/蛋白質(zhì)進(jìn)行聚類分組,逐個(gè)類群探究蛋白功能。創(chuàng)建同源群可以采用Otrhofinder軟件,該軟件安裝方便,運(yùn)行快速,調(diào)用簡單,...
操作的話可以關(guān)注一下QTL-seq和MutMap兩款軟件,可以計(jì)算snp index和delta snp index。另外BSA的原理不是直接野生和突變混池,而是二者雜交后的子二代分離個(gè)體之間根據(jù)性狀進(jìn)行混池,建議再具體理解一下原理哈。Ryohei 2013年的一篇Plant journal推薦學(xué)習(xí)
遺傳統(tǒng)計(jì)|BSA-seq混合分組鑒定功能基因分離體分組混合分析法(Bulked Sergeant Analysis, BSA)也稱為集群分離分析法或混合分組分析法,是從近等基因系分析法演變而來的。常規(guī)的育種通常從近等基...
EffectorP軟件利用機(jī)器學(xué)習(xí)原理,通過事先收集已知的效應(yīng)子制備訓(xùn)練集,從而實(shí)現(xiàn)病原真菌和卵菌的效應(yīng)子預(yù)測(cè)[1]。 EffectorP發(fā)展史[2]:1.0版本最初在16年...
全基因組注釋是鑒定生物基因組特征的過程。Prokka是一個(gè)適用于原核生物基因組注釋工具,可以注釋細(xì)菌,古菌和病毒基因組。Prokka在預(yù)測(cè)基因組CDS區(qū)域時(shí)采用了多種數(shù)據(jù)庫,...
01 什么是全基因組復(fù)制 多倍化(polyploidy)或全基因加倍/復(fù)制(whole genome duplication, WGD)事件是指基因組內(nèi)的所有序列都發(fā)生重復(fù),...
1. 組裝基因組質(zhì)控 得到組裝好的基因組序列之后,首先要使用多種方法評(píng)估組裝質(zhì)量。這里用到2款可用于基因組組裝質(zhì)量評(píng)估的軟件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
該文章引自 https://mp.weixin.qq.com/s/Jny5cTHqQh9yQx-cKQTWbA 謝謝原作者! 1.OrthoFinder能做什么? Ortho...
基因家族成員鑒定的主要方法為序列相似性比對(duì)和功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)。以苦蕎的MAPK基因家族的鑒定為例。 苦蕎基因組數(shù)據(jù)處理 下載并解壓后需要使用文件如下:基因組:FtChromos...
蛋白質(zhì)都是由相似的小型結(jié)構(gòu)域組成的。如果我們有若干個(gè)已知的蛋白序列,那我們就可以根據(jù)這些蛋白序列比較其含有的保守域,尋找在蛋白數(shù)據(jù)庫中上是否也有一樣保守域的蛋白。而后根據(jù)統(tǒng)計(jì)...
轉(zhuǎn)錄組的組裝能夠提供豐富的組學(xué)信息,是生物信息學(xué)中重要的基礎(chǔ)步驟。測(cè)序的下機(jī)數(shù)據(jù)經(jīng)過過濾,比對(duì),排序,組裝,最終得到轉(zhuǎn)錄本的全部序列信息。下面我們以稻瘟菌測(cè)序數(shù)據(jù)SRR081...
Title: Variation in abundance of predicted resistance genes intheBrassica oleraceapange...
導(dǎo)讀 用query基因、DNA序列、16S擴(kuò)增子序列、蛋白序列比對(duì)基因注釋、物種注釋 、基因功能注釋數(shù)據(jù)庫。Blast準(zhǔn)確性高,速度慢。Diamond速度更快,常用于二代測(cè)序...
常規(guī)的MEME和進(jìn)化樹可視化,以及其它基因結(jié)構(gòu)/注釋信息結(jié)合進(jìn)化樹可視化,TBtools已經(jīng)做的很好https://cloud.tencent.com/developer/a...
8月份,我們組織了一次「卡通熱圖」活動(dòng),基本集齊「100」種植物的「卡通熱圖」。陸陸續(xù)續(xù),可以看到不少優(yōu)秀的作品,比如最新的這幅花生卡通熱圖。 完美,真是好看。當(dāng)然,前面也提...
前面給大家介紹了 ?[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum%3F_...
最近看了幾篇關(guān)于共線性分析的微信/簡書推送,發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯(cuò)誤地描述為“全基因組共線性”。這是兩個(gè)完全不同的概念,前者主要是基于蛋白水平,蛋白的保守性很...