挖掘公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)集時，會遇到常見各種單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)格式?，F(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
發(fā)簡信
IP屬地：寧夏
-
Seurat包之導(dǎo)入單細(xì)胞數(shù)據(jù)方式匯總 -
多個10x單細(xì)胞對象的合并和批次校正--seurat錨點整合+Harmony練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
-
R語言繪圖包03--火山圖EnhancedVolcanoR語言繪圖包系列： R語言繪圖包01--優(yōu)秀的拼圖包patchwork[http://www.itdecent.cn/p/e57555d48c91] R語言繪圖包02--熱...
-
Seurat教程：整合刺激性和對照性PBMC數(shù)據(jù)集以學(xué)習(xí)細(xì)胞類型特異性反應(yīng)本教程介紹了Kang等人（2017）的[https://www.nature.com/articles/nbt.4042]兩組PBMC的對齊方式。在該實驗中，將PBMC分為刺...
-
04.兩組比較_差異基因展示上一節(jié)介紹了兩組比較中如何展示差異基因數(shù)目，這一節(jié)的內(nèi)容更進(jìn)了一步，我造了一種圖，可以用來表示具體的差異基因。 想象一下你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)同時包含對照組和實驗組，在做完前期的基礎(chǔ)...
-
單細(xì)胞不同組別進(jìn)行差異基因分析
大家做單細(xì)胞項目的時候，會涉及到多個組別，在分群之后想進(jìn)行不同組別的差異基因分析，來查看不同處理對試驗有什么影響。但生信小白只會流程化的分析，在對兩組之間的單細(xì)胞進(jìn)行差異分析...
-
單細(xì)胞測序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高級分析、文章復(fù)現(xiàn)
時代的洪流奔涌而至，單細(xì)胞技術(shù)也從舊時王謝堂前燕，飛入尋常百姓家。雪崩的時候，沒有一片雪花是無辜的，你我也從素不相識，到被一起卷入單細(xì)胞天地。R語言和Seurat已以勢如破竹...
-
文獻(xiàn)學(xué)習(xí)041--[sc]小鼠20器官單細(xì)胞圖譜數(shù)據(jù)庫Tabula Muris2018年10月5日，來自美國斯坦福大學(xué)、陳-扎克伯格生物中心（Chan Zuckerberg Biohub），弗吉尼亞州帕洛阿爾托醫(yī)療保健系統(tǒng)和加州大學(xué)的一個龐大的研究團(tuán)隊...
