不好意思，剛剛看見，希望你的問題已經(jīng)解決了。我直接用cell ranger的output得到的bam。
scTE -10X Genomic RNA-seq 定量Transposable Element關(guān)鍵詞：Transposable Element；ERV內(nèi)源性反轉(zhuǎn)錄病毒；單細(xì)胞測(cè)序分析；Seurat；scTE。 背景： 采用scTE對(duì)10X 單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行TE定量，...
關(guān)鍵詞：Transposable Element；ERV內(nèi)源性反轉(zhuǎn)錄病毒；單細(xì)胞測(cè)序分析；Seurat；scTE。 背景： 采用scTE對(duì)10X 單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行TE定量，...
這個(gè)是 scVelo嗎？
scVelo計(jì)算RNA速率一.導(dǎo)入需要的文件 需要的文件：由R里面對(duì)Seurat對(duì)象的數(shù)據(jù)導(dǎo)出的1.velocyto pipeline 跑出來的loom文件2.細(xì)胞名字文件3.細(xì)胞屬于的類群4.細(xì)胞坐...
應(yīng)該是可以的，Nextera 用到的Tn5 是野生型Tn5 轉(zhuǎn)座酶的高活性突變體，更高效而已。
搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列在準(zhǔn)備NGS文庫的時(shí)候，會(huì)有用到轉(zhuǎn)座酶Tn5，Nextera DNA Library Preparation Kit ，比如ATAC-seq就有用到這個(gè)Tn5。轉(zhuǎn)座酶攜帶有特...
Nature | ENOCDE3 系列 小鼠胎兒發(fā)育中的時(shí)空DNA甲基化動(dòng)態(tài)解析 日期：2020年7月29日雜志：Nature雜志影響因子：42.778原文標(biāo)題：Spatio...
本次給學(xué)徒講解的文章是 :The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos...
@繡嶺子 有時(shí)候可能是他們?cè)诟?，現(xiàn)在可以了嗎？可以給簡(jiǎn)書后臺(tái)留言。
簡(jiǎn)書無法連接服務(wù)器bug 嗎？（坐標(biāo)橫濱）今天一下午 簡(jiǎn)書連接不上，網(wǎng)頁打不開，雖然這個(gè)聽起來是個(gè)很常見問題。就好比國(guó)內(nèi)飛機(jī)晚點(diǎn)。有可能是服務(wù)器維護(hù)，如果是維護(hù)得提前通知一聲才對(duì)！沒有，所以就...
原文：https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-1931-9 作者: runup...
單細(xì)胞測(cè)序count table QC要filter 掉low quality cells（columns）比如：cells with fewer than 500 dete...
