@潑皮混混 你好，請(qǐng)問(wèn)有具體方法嗎
super-enhancer神器ROSE的使用ROSE是大名鼎鼎的Richard A.Young實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的，全稱是RANK ORDERING OF SUPER ENHANCERS，用來(lái)找增強(qiáng)子和超級(jí)增強(qiáng)子。 ROSE安...
發(fā)簡(jiǎn)信
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有效基因組（Effective Genome Size）大小計(jì)算
macs2 callpeak其中的一個(gè)參數(shù)-g，設(shè)置有效基因組大小， 根據(jù)教程Introduction to ChIP-Seq using high-performance ...
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從零開(kāi)始完整學(xué)習(xí)全基因組測(cè)序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第4節(jié) 構(gòu)建WGS主流程這篇文章很長(zhǎng)，超過(guò)1萬(wàn)字，是本系列中最重要的一篇，因?yàn)槲也⒎侵皇窃诤?jiǎn)單地告訴大家?guī)讞l硬邦邦的操作命令。對(duì)于新手而言不建議碎片時(shí)間閱讀，對(duì)于有一定經(jīng)驗(yàn)的老手來(lái)說(shuō)，相信依然可以有...
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R繪圖 | 一幅小提琴圖的美化之旅R繪圖 | 一幅小提琴圖的美化之旅 五一假期，來(lái)點(diǎn)輕松點(diǎn)的知識(shí)！ 整個(gè)新系列。目前的幾個(gè)系列， #R實(shí)戰(zhàn) 以生信分析為主， #跟著CNS學(xué)作圖 以復(fù)現(xiàn)頂刊Figure為主，...
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@MMZZJQ 沒(méi)有，你解決了嗎
使用liftover創(chuàng)建注釋Chain文件（基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換）
問(wèn)題情形： 在自己組裝出一個(gè)基因組之后，會(huì)想要看自己的序列的組裝情況和染色體朝向，或者是想根據(jù)已有的基因組注釋文件創(chuàng)建自己的基因組的注釋文件。這個(gè)時(shí)候需要的是一個(gè)chain ...
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文本去重復(fù)并按重復(fù)次數(shù)排序
用于演示的測(cè)試文件內(nèi)容如下： [plain] Hello World. Apple and Nokia. Hello World. I wanna buy an Apple ...
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您好，請(qǐng)問(wèn)這一塊可以詳細(xì)操作一下嗎？
“另外，需要搭建parasol集群環(huán)境：
參考：http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Parasol_job_control_system
需要注意的是：文檔中并未提及需要能免密ssh localhost，需要自己手動(dòng)配置免密ssh本地，設(shè)置好后其余的按照文檔要求做即可?！?使用liftover創(chuàng)建注釋Chain文件（基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換）
問(wèn)題情形： 在自己組裝出一個(gè)基因組之后，會(huì)想要看自己的序列的組裝情況和染色體朝向，或者是想根據(jù)已有的基因組注釋文件創(chuàng)建自己的基因組的注釋文件。這個(gè)時(shí)候需要的是一個(gè)chain ...
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【比較基因組】共線性分析（JCVI）比較基因組學(xué)中，共線性的分析的圖無(wú)疑是很漂亮的。 共線性分析可以很好地解釋進(jìn)化關(guān)系和多倍化事件。上一篇介紹了怎么利用MCScanX來(lái)做共線性分析，雖然后面有java的包來(lái)支持...
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你好，請(qǐng)問(wèn)怎么安裝transanno呢，github上沒(méi)看到安裝方法
使用transanno制作不同基因組版本坐標(biāo)映射的chain 文件？
不同基因組版本的位置（坐標(biāo)）對(duì)應(yīng)關(guān)系，在數(shù)據(jù)分析環(huán)節(jié)經(jīng)常用到。 位置對(duì)應(yīng)關(guān)系通常通過(guò)比對(duì)來(lái)獲取，而信息一般存儲(chǔ)在chain文件中[https://www.zxzyl.com/...
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使用pyGenomeTracks繪制表觀展示圖pyGenomeTracks是什么 首先在介紹pyGenomeTracks之前， 先說(shuō)幾個(gè)常用的表觀組學(xué)數(shù)據(jù)展示工具，IGV，UCSC和WashU。其中大家用的最多的應(yīng)該就是...
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@caokai001 您好，請(qǐng)問(wèn)這個(gè)熱圖怎么畫(huà)呀，用哪一個(gè)數(shù)據(jù)呢
【三維基因組】TAD分析軟件—InsulationScore
Insulation Score是由dekker實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的，軟件路徑（https://github.com/dekkerlab/cworld-dekker） 分析原理 總結(jié)...
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2022-07-25 TAD-InsulationScoreCworld matrix2insulation.pl hicpro matrix 轉(zhuǎn)換 image.pngimage.png addHeader matrix2insula...
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hic分析之分步工作原理參考之前的文章 hic分析之 hic-pro 介紹與安裝 分步工作原理： 先看test文件 再看看opt文件 工作原理介紹： 1.Reads Mapping 將fastq文...
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結(jié)合CHIP-seq和ATAC-seq結(jié)果進(jìn)行分析上一篇文章里講到了如何進(jìn)行ATAC-seq的簡(jiǎn)單分析（ATAC-seq分析練習(xí)）。在文獻(xiàn)中（Cell Stem Cell 2017 Nov 2;21(5):650-664.e...
