@潑皮混混 你好,請(qǐng)問(wèn)有具體方法嗎
super-enhancer神器ROSE的使用ROSE是大名鼎鼎的Richard A.Young實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的,全稱是RANK ORDERING OF SUPER ENHANCERS,用來(lái)找增強(qiáng)子和超級(jí)增強(qiáng)子。 ROSE安...
@潑皮混混 你好,請(qǐng)問(wèn)有具體方法嗎
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macs2 callpeak其中的一個(gè)參數(shù)-g,設(shè)置有效基因組大小, 根據(jù)教程Introduction to ChIP-Seq using high-performance ...
這篇文章很長(zhǎng),超過(guò)1萬(wàn)字,是本系列中最重要的一篇,因?yàn)槲也⒎侵皇窃诤?jiǎn)單地告訴大家?guī)讞l硬邦邦的操作命令。對(duì)于新手而言不建議碎片時(shí)間閱讀,對(duì)于有一定經(jīng)驗(yàn)的老手來(lái)說(shuō),相信依然可以有...
R繪圖 | 一幅小提琴圖的美化之旅 五一假期,來(lái)點(diǎn)輕松點(diǎn)的知識(shí)! 整個(gè)新系列。目前的幾個(gè)系列, #R實(shí)戰(zhàn) 以生信分析為主, #跟著CNS學(xué)作圖 以復(fù)現(xiàn)頂刊Figure為主,...
@MMZZJQ 沒(méi)有,你解決了嗎
使用liftover創(chuàng)建注釋Chain文件(基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換)問(wèn)題情形: 在自己組裝出一個(gè)基因組之后,會(huì)想要看自己的序列的組裝情況和染色體朝向,或者是想根據(jù)已有的基因組注釋文件創(chuàng)建自己的基因組的注釋文件。這個(gè)時(shí)候需要的是一個(gè)chain ...
用于演示的測(cè)試文件內(nèi)容如下: [plain] Hello World. Apple and Nokia. Hello World. I wanna buy an Apple ...
您好,請(qǐng)問(wèn)這一塊可以詳細(xì)操作一下嗎?
“另外,需要搭建parasol集群環(huán)境:
參考:http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Parasol_job_control_system
需要注意的是:文檔中并未提及需要能免密ssh localhost,需要自己手動(dòng)配置免密ssh本地,設(shè)置好后其余的按照文檔要求做即可?!?
使用liftover創(chuàng)建注釋Chain文件(基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換)問(wèn)題情形: 在自己組裝出一個(gè)基因組之后,會(huì)想要看自己的序列的組裝情況和染色體朝向,或者是想根據(jù)已有的基因組注釋文件創(chuàng)建自己的基因組的注釋文件。這個(gè)時(shí)候需要的是一個(gè)chain ...
比較基因組學(xué)中,共線性的分析的圖無(wú)疑是很漂亮的。 共線性分析可以很好地解釋進(jìn)化關(guān)系和多倍化事件。上一篇介紹了怎么利用MCScanX來(lái)做共線性分析,雖然后面有java的包來(lái)支持...
你好,請(qǐng)問(wèn)怎么安裝transanno呢,github上沒(méi)看到安裝方法
使用transanno制作不同基因組版本坐標(biāo)映射的chain 文件?不同基因組版本的位置(坐標(biāo))對(duì)應(yīng)關(guān)系,在數(shù)據(jù)分析環(huán)節(jié)經(jīng)常用到。 位置對(duì)應(yīng)關(guān)系通常通過(guò)比對(duì)來(lái)獲取,而信息一般存儲(chǔ)在chain文件中[https://www.zxzyl.com/...
pyGenomeTracks是什么 首先在介紹pyGenomeTracks之前, 先說(shuō)幾個(gè)常用的表觀組學(xué)數(shù)據(jù)展示工具,IGV,UCSC和WashU。其中大家用的最多的應(yīng)該就是...
@caokai001 您好,請(qǐng)問(wèn)這個(gè)熱圖怎么畫(huà)呀,用哪一個(gè)數(shù)據(jù)呢
【三維基因組】TAD分析軟件—InsulationScoreInsulation Score是由dekker實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的,軟件路徑(https://github.com/dekkerlab/cworld-dekker) 分析原理 總結(jié)...
Cworld matrix2insulation.pl hicpro matrix 轉(zhuǎn)換 image.pngimage.png addHeader matrix2insula...
參考之前的文章 hic分析之 hic-pro 介紹與安裝 分步工作原理: 先看test文件 再看看opt文件 工作原理介紹: 1.Reads Mapping 將fastq文...
上一篇文章里講到了如何進(jìn)行ATAC-seq的簡(jiǎn)單分析(ATAC-seq分析練習(xí))。在文獻(xiàn)中(Cell Stem Cell 2017 Nov 2;21(5):650-664.e...