這篇綜述的通訊作者——David M. Sabatini，被譽(yù)為“天才型”學(xué)者的雷帕霉素靶蛋白mTOR的研究先驅(qū)，年僅48歲就當(dāng)選美國國家科學(xué)院院士，卻因性騷擾于2022年4...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：香港
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《Cell》綜述｜一文讀懂mTOR信號(hào)通路的“前世今生” -
2. DESeq2差異基因分析（Python）用上一篇生成的merged_gene_counts.txt的基因raw counts文件進(jìn)行差異分析，python環(huán)境，利用DESeq2工具。 安裝必要的庫 讀取數(shù)據(jù)，構(gòu)建實(shí)...
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5. 表達(dá)矩陣預(yù)處理（Python）
第4篇中生成的表達(dá)矩陣存在幾個(gè)問題： 因?yàn)槭腔谵D(zhuǎn)錄本比對(duì)，所以“Gene_id”一列會(huì)出現(xiàn)一個(gè)基因多個(gè)轉(zhuǎn)錄本的情況； 存在大量的4組count都為0的基因行。 在pytho...
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4. 建立表達(dá)矩陣
第3篇生成了轉(zhuǎn)錄本比對(duì)的counts.txt文件，現(xiàn)在需要提取有效信息并將4個(gè)counts文件合并成一個(gè)表達(dá)矩陣。 查看counts.txt文件格式 檢查分隔符類型 前 8 ...
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3. Nanopore三代測(cè)序轉(zhuǎn)錄本比對(duì)基因組比對(duì)的結(jié)果顯示比對(duì)效率非常低，現(xiàn)在用轉(zhuǎn)錄本比對(duì)，比較一下二者的差異。 且基因組比對(duì)一般適用于：新發(fā)現(xiàn)的轉(zhuǎn)錄本（novel transcripts）或可變剪切（alter...
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2. Nanopore三代測(cè)序fastq基因組比對(duì)因?yàn)轭A(yù)處理會(huì)過濾掉90%以上的reads，所以分別用原始數(shù)據(jù)和過濾后的數(shù)據(jù)進(jìn)行基因組比對(duì)，看是否有差異。 一、先用未經(jīng)過預(yù)處理的fastq文件進(jìn)行比對(duì)（Test） 查看文件里...
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1. Nanopore三代測(cè)序fastq數(shù)據(jù)預(yù)處理千里之行，始于足下。 本次處理的fastq文件是通過對(duì)細(xì)胞系進(jìn)行RIP實(shí)驗(yàn)后，經(jīng)建庫并在nanopore單分子測(cè)序儀上測(cè)序獲得的，處理的方式按NGS常規(guī)方法處理，本人系初學(xué)者...
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Day7-2：條件和循環(huán)
日拱一卒。 1. 隱式循環(huán) apply()函數(shù)：矩陣/數(shù)據(jù)框返回的結(jié)果是向量 lapply：向量/列表返回的結(jié)果還是列表 2. 兩個(gè)數(shù)據(jù)框的連接 inner_join：只能取...
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Day7：條件和循環(huán)天才是用勞動(dòng)換來的?！谥?1. if條件語句 基礎(chǔ)語法 {}的代碼，可以被折疊 代碼習(xí)慣：全選運(yùn)行 source() 在不打開腳本的情況下直接運(yùn)行腳本 if…else…...
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Day6-2：如何編輯字符串，數(shù)據(jù)框
心專才能繡得花，心靜才能織得麻。 1. 玩轉(zhuǎn)字符串 stringr包 （1）str_length （2）str_split 按照分隔符拆分字符串 復(fù)習(xí)：矩陣只允許一種數(shù)據(jù)類型...
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Day6：R語言做圖今天應(yīng)做的事沒有做，明天再早也是耽誤了?！崴固┞妪R 1. 基礎(chǔ)包 高級(jí)繪圖函數(shù) 低級(jí)繪圖函數(shù) 2. ggplot2 示例： 如何區(qū)分color和fill兩個(gè)屬性 空心形狀...
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Day3：數(shù)據(jù)框、矩陣和列表我們只是世界的一小部分，靜下心來研讀自己、關(guān)注自己需求，才能活好自己。 ——阿德勒 matrix 矩陣-二維，只允許一種數(shù)據(jù)類型 data.frame 數(shù)據(jù)框-二維，每列只允...
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Day1：R語言基礎(chǔ)
默默守望，風(fēng)送來晨曦?！度顼L(fēng)吹過》 詞：李俊偉 1. 軟件準(zhǔn)備和界面識(shí)別 R語言舊版本，最好卸載重新安裝，而不是進(jìn)行版本更新 R是一種編程語言，Rstudio是R語言的集...
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《攝影》專題介紹 用文字記錄美好生活 用鏡頭捕捉精彩瞬間 攝影，發(fā)現(xiàn)生活中的美！ 本專題收錄文章方向： 1.風(fēng)光攝影、人像攝影、記錄攝影、藝術(shù)攝影、畫意攝影、商業(yè)攝影、水墨攝影等； 2.攝影技巧，后期技巧，攝影器材測(cè)評(píng)等； 3.手機(jī)拍攝、專業(yè)攝影器材拍攝均可； 4.文章須為原創(chuàng)，不得抄襲，如有抄襲行為，后果自負(fù)。 投稿須知詳見： 《攝影》專題投稿須知 http://www.itdecent.cn/p/3dcbd7ac31f4 專題主編：伩天游 http://www.itdecent.cn/u/f5112cf64af7
