這個(gè)取決于上游Hi-C preprocess數(shù)據(jù)分析的軟件。上游用Juicer可以直接.hic文件轉(zhuǎn).mcool。其他軟件我一般寫(xiě)腳本手動(dòng)將文件重整為bedpe格式。具體可以參考https://cooler.readthedocs.io/en/latest/cli.html#cooler-cload-pairs
數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn) | Hi-C數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)化Raw contact to .hic → juicer_tools 軟件地址：https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Downlo...
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相分離或者說(shuō)相變（Phase separation，Phase Transition）是目前比較火的一個(gè)研究領(lǐng)域，已有的研究表明相分離在細(xì)胞中普遍存在，與基因組的組裝、轉(zhuǎn)錄調(diào)...
廢話 ggplot2是R語(yǔ)言繪圖神奇，在各種擴(kuò)展包的加持下無(wú)往而不勝。然而使用ggplot2繪制boxplot的時(shí)候，生成的圖片看著總有一絲絲的別扭。 比較一下教科書(shū)中的bo...
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原文鏈接Whyte WA, Orlando DA, Hnisz D, et al. Master transcription factors and mediator est...
eulerr在線版：http://eulerr.co/[http://eulerr.co/]R package地址：https://cran.r-project.org/we...
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原文Kim HJ, Yard?mc? GG, Bonora G, Ramani V, Liu J, Qiu R, Lee C, Hesson J, Ware CB, Shen...
原文：Shin H, Shi Y, Dai C, Tjong H, Gong K, Alber F, Zhou XJ. TopDom: an efficient and de...
上一篇：(PNAS 2019) scHiCluster （Part I：文章梳理）[http://www.itdecent.cn/p/5ef81eca986c] 原文：Zh...
關(guān)鍵詞：single-cell, Hi-C，3D chromosomal structure，random walk 文章概要 本文的作者團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了scHiCluster[h...
