在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，在確定細(xì)胞類型后，除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外，還可以針對單個(gè)細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析，這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開處理了。 一、Seurat數(shù)據(jù)格式...
發(fā)簡信
IP屬地：猶他州
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Seurat取子集時(shí)會(huì)用到的函數(shù)和方法 -
docker | 生物信息實(shí)踐中 docker 常用命令寫在前面 前述介紹了如何在「Windows」下安裝 WSL2+Docker。類似的操作，可以更為簡單的在 MacOS 或者 Linux 下實(shí)現(xiàn)。一切目的，我們要的就是「使用 ...
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R語言: ERROR: dependency ‘XXXX’ is not available for package ‘YYYY’PS：也適用于找不到包的情況，不僅僅是依賴...最近整合了團(tuán)隊(duì)的幾部機(jī)器，做成了小集群，于是很多計(jì)算環(huán)境重新部署。這兩天有個(gè)項(xiàng)目需要返工，發(fā)現(xiàn)之前流程代碼無法正常運(yùn)行?；趫?bào)...
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點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)，KEGG Pathway 通路富集分析寫在前面 前段時(shí)間，推過兩個(gè)教程，分別是：1.《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」從原理到實(shí)踐 ~ 零基礎(chǔ)掌握》 ...
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隨筆 | 做一個(gè)“有情懷”的人 - 關(guān)于軟件開發(fā)和日常瑣事
想來想去，倒是可以記錄一下最近的一些事件和思考。 刪了一行代碼，功能加速 100 倍 寫代碼也有好幾年了，盡管是業(yè)余工作，但多少還是有一些提升。肉眼可見的是，開發(fā)速度明顯下降...
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2020-01-24 【轉(zhuǎn)錄組】四、 samtools 轉(zhuǎn)換及排序命令格式: samtools view -Sb input.sam > output.bam # -S 輸入格式為sam，-b 輸出格式為bam 轉(zhuǎn)換成bam格式...
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教程 | 可視化 多組 基因差異表達(dá)分析 結(jié)果寫在前面 最近做了一些轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析。想想，上一次這么精細(xì)地分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，都是三五年前的事情。整個(gè)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)是一個(gè)器官的不同發(fā)育階段。按照最傳統(tǒng)的做法，不同階段，兩兩間進(jìn)行差...
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學(xué)好統(tǒng)計(jì)，我10分鐘就完成了別人服務(wù)器通宵才完成的分析果子老師做過一個(gè)非常驚人的舉動(dòng)，用DESeq2處理1225例樣本的TCGA數(shù)據(jù)，在沒有使用DESeq多線程參數(shù)parallel的情況下，跑了將近40個(gè)小時(shí)。 那么問題來了，在...
