下午打開Rstudio的時候發(fā)現(xiàn)圖形沒有出現(xiàn)在圖形框中，花了不少時間在解決這個問題，記錄一下下 解決方法1 根據(jù)這個方法https://zhuanlan.zhihu.com/...
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Error in RStudioGD() : Shadow graphics device error: r error 4 (Error in .External2(C_X11, pas... -
解決FileZilla連接時超時，無法連接服務(wù)器，且顯示fzSftp started, protocol version=11昨天使用FileZilla連接服務(wù)器，顯示fzSftp started, protocol version=11，無法連接服務(wù)器。 1. 先找出錯誤原因 因為我的是我自己用s...
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configure: error: Runtime link error linux安裝rjags找不到JAGS動態(tài)鏈接庫最近想用infercnv，然后我就安裝R包，會出現(xiàn)一個問題就是rjags安不上，問題checking version of JAGS library... link erro...
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biomaRt基因同源轉(zhuǎn)換時 使用中遇到Timeout was reached的解決辦法
根據(jù)之前別人po文中的代碼進行，發(fā)現(xiàn)行不通 出現(xiàn)了下面這樣子的報錯： 看了下bioconduct上管理員還是誰回復的說是近期biomaRt上有很多下載大量數(shù)據(jù)的人，導致速度變...
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解決RStudio Server: R is taking longer to start than usual
主要原因：當使用RStudio Server處理占內(nèi)存極大的數(shù)據(jù)后，長時間不清理內(nèi)存，不關(guān)閉rstudio，可能會產(chǎn)生此種問題，建議計算完畢后，盡快清理內(nèi)存。 當再次打開rs...
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讀《Computational-method-for-single-cell-data-analysis》跟著運來兄搭建自己的生物信息小書房。趁年輕，讀幾本硬書，到老了慢慢反芻。 如果讓我推薦一本比較全面的單細胞數(shù)據(jù)分析教材，我想會是《Computational-method-f...
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單細胞數(shù)據(jù)科學四大過程組兩大知識領(lǐng)域與三重境界很多朋友問是如何保持閱讀量的，其實，大部分是之前的存貨。有一部分是每有會意，把之前的舊書拿出來再翻一翻，做個導圖放上來的。今天，我想和大家分享一點最近對單細胞數(shù)據(jù)科學的理解，...
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使用MAESTRO整合分析scRNA和scATAC
Wang, C., Sun, D., Huang, X. et al. Integrative analyses of single-cell transcriptome a...
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使用lftp上傳數(shù)據(jù)到GEO，賊快！推薦我之前在2021年寫過上傳數(shù)據(jù)到GEO數(shù)據(jù)庫獲得GEO號[http://www.itdecent.cn/p/003ef56dd311]，那時候使用ncftpput上傳數(shù)據(jù)，...
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SCI文章寫作以及文章修稿的一點體會情感: 離上次寫筆記快半年之久了，這半年來基本都把心思花在了一個課題上。這兩日終于把文章修回去了，靜下來心來整理這個課題的結(jié)果，想著總結(jié)自己這半年來文章寫作以及文章修稿的一些...
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感謝，好棒呀，最近剛好需要這個??！
如何給Seurat對象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細胞分析中，必要的一步是對每個細胞進行注釋，這相當于給每個細胞打個標簽，或者說起個別名，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細胞名字，S...
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clustree ： 聚類可視化利器我們知道在研究問題時，分組是很重要的，有分組才有故事可講。比如，兩塊田一塊施肥一塊不施肥，可以做比較嘛。在單細胞數(shù)據(jù)分析中用到較多的數(shù)據(jù)分組技術(shù)是聚類（clustering）...
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STRINGDB包的簡單使用String是一個很好的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫，其不僅包含了直接物理作用的互作關(guān)系，還包含了蛋白之間以間接作用的互作關(guān)系。除了有實驗證據(jù)支持的數(shù)據(jù)外，還有整合其他數(shù)據(jù)庫中的互作數(shù)...
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R語言程序包開發(fā)
R語言程序包開發(fā)： 轉(zhuǎn)載自： 挑圈聯(lián)靠， 想提高文章的引用率？寫個R包吧！系列傳送門 01 必備工具 前言 R語言程序包是R語言的靈魂，是R語言的核心，每一個R語言用戶都會使...
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如何給Seurat對象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細胞分析中，必要的一步是對每個細胞進行注釋，這相當于給每個細胞打個標簽，或者說起個別名，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細胞名字，S...
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利用Linux下載阿里云以及諾禾云(諾禾致源)提供的測序數(shù)據(jù)早上在處理數(shù)據(jù)的時候，發(fā)現(xiàn)花的時間比預期多出一半，原本計劃45分鐘完成，花了一個半小時，當然啦，也有摸魚的水分在啦，哈哈哈哈，然后我想著還是整理出來一下數(shù)據(jù)下載流程，這樣方便...
個人介紹
愛生活愛學習愛運動的超級無敵鄭一一同學。偶爾郁悶，偶爾低沉，但大多數(shù)都是積極向上。慢慢學會認識自己的不足，坦然接受自己的平凡，努力去做好手頭上的工作，并慢慢去探尋自己喜歡并且熱愛的東西。如果我的一輩子注定平凡，那么希望自己享受著平凡而美好的生活