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scanpy 構(gòu)建假細胞、隨機取樣和合并基因 2024-11-22
python 將多個細胞的表達量合并成一個假細胞的表達量。 隨機取樣 實例 合并基因： 實例
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Python和R開啟多線程2024-09-05
Python 控制多線程 Python的apply并行運算pandarallel模塊 R 控制多線程
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Scanpy 計算DEG格式轉(zhuǎn)換 2024-09-05
用慣了Seurat計算DEGs，使用Scanpy進行計算得到的格式會很不適應，可讀性有點差，因此可以使用以下函數(shù)進行格式轉(zhuǎn)換，并且根據(jù)FC進行了...
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記錄shell常用操作 2024-08-19
檢查文件是否存在 同步文件命令 創(chuàng)建數(shù)組和模糊搜索文件 標準打印內(nèi)容到指定文件 也可以直接使用echo 交互輸入?yún)?shù) 根據(jù)文本生成報告 簡易fo...
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單組火山圖和多組火山圖展示差異表達基因（DEGs） 2023-10-12前言 在各種RNA測序數(shù)據(jù)中，我們幾乎都避不開差異表達基因（DEGs）的分析。我們可以用氣泡圖，提琴圖和熱圖等展示不同細胞亞群或樣本的差異基因表...
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使用clusterProfiler進行基因集富分析兩個函數(shù)就夠了 2023-09-12背景 做單細胞轉(zhuǎn)錄組分析時，通過找差異基因可以得到很多基因集，一方面我們需要看這些基因集的相對表達量是否顯著上/下調(diào)，但我們往往更關注這些差異基...
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使用monocle3進行擬時序分析（從Seurat對象開始）2023-08-31適用背景 單細胞轉(zhuǎn)錄組分析中如果涉及到發(fā)育或具有時間序列的細胞譜系，往往需要進行擬時序分析，而最最最常用的擬時序分析軟件就是Monocle，如今...
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Linux 命令行和集群投遞任務小技巧匯總 2023-08-29
背景 記錄一下平時使用Linux命令行和集群投遞任務的一些小技巧（包括.bashrc的配置），后續(xù)將不斷補充。 配置命令行的風格，可以根據(jù)自己的...
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單細胞Scanpy常用腳本2023-08-28
前言 Scanpy是基于Python語言的類似Seurat的單細胞轉(zhuǎn)錄組分析工具，本文匯集了Scanpy的常規(guī)操作。 加載模塊和設置 讀入矩陣 ...