前言 在各種RNA測序數(shù)據(jù)中,我們幾乎都避不開差異表達(dá)基因(DEGs)的分析。我們可以用氣泡圖,提琴圖和熱圖等展示不同細(xì)胞亞群或樣本的差異基因表達(dá)情況,而火山圖則是最直觀的表...
前言 在各種RNA測序數(shù)據(jù)中,我們幾乎都避不開差異表達(dá)基因(DEGs)的分析。我們可以用氣泡圖,提琴圖和熱圖等展示不同細(xì)胞亞群或樣本的差異基因表達(dá)情況,而火山圖則是最直觀的表...
寫在前面最近在做GSVA,做到我有點(diǎn)自閉,不是因?yàn)檫@個算法有多難,而是他所耗費(fèi)的時間有點(diǎn)夸張。加上校園網(wǎng)這兩天時不時“調(diào)皮”一下,做了兩次,等了四天,最后都白白浪費(fèi)了。其實(shí)后...
時間序列研究的是基因表達(dá)的動態(tài)行為,測量的是一系列和時間點(diǎn)之間有強(qiáng)烈相關(guān)性的過程。和針對某一時間點(diǎn)的基因表達(dá)進(jìn)行差異分析不同,時間序列更加關(guān)注是發(fā)現(xiàn)基因表達(dá)的趨勢,以有助于理...
數(shù)據(jù)預(yù)處理之后是rRNA去除,這一步驟是可選步驟。 使用Hisat2去除數(shù)據(jù)中的rRNA的原代碼,摳出來看看: 一、rRNA序列下載 在之前的教程中,我使用的NCBI的rRN...
今天分享的學(xué)習(xí)筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡單流程,適用于初學(xué)者入門閱讀,從原始測序數(shù)據(jù)開始,經(jīng)過質(zhì)控、序列比對、定量表達(dá)、差異表達(dá)、功能富集等一系列分析步驟,最終獲得基因表達(dá)信息。...
利用implut 時間序列數(shù)據(jù)分析的部分綜述http://www.itdecent.cn/p/94520ce07c95[http://www.itdecent.cn/p/...
概況:使用處理后的fastq文件和基因組與轉(zhuǎn)錄組比對,確定在轉(zhuǎn)錄組或者基因組中的關(guān)系。在轉(zhuǎn)錄組和基因組的比對采取的方案不同。分別是ungapped alignment to ...
關(guān)于RNAseq Nature重磅綜述 |關(guān)于RNA-seq,你想知道的都在這[https://app.yinxiang.com/fx/f8c7f63c-a05e-4ebf-...
FastQC是一款依賴Java環(huán)境的高通量序列數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制工具,目的是為高通量測序的原始序列數(shù)據(jù)提供一種簡單的質(zhì)量控制檢查方法。它提供了一組模塊化的分析,在后續(xù)分析前,快速...