前言 在各種RNA測序數(shù)據(jù)中，我們幾乎都避不開差異表達(dá)基因（DEGs）的分析。我們可以用氣泡圖，提琴圖和熱圖等展示不同細(xì)胞亞群或樣本的差異基因表達(dá)情況，而火山圖則是最直觀的表...
IP屬地：廣東
-
單組火山圖和多組火山圖展示差異表達(dá)基因（DEGs） 2023-10-12 -
對于多表型數(shù)據(jù)如何利用limma包進(jìn)行差異基因分析
寫在前面最近在做GSVA，做到我有點(diǎn)自閉，不是因?yàn)檫@個算法有多難，而是他所耗費(fèi)的時間有點(diǎn)夸張。加上校園網(wǎng)這兩天時不時“調(diào)皮”一下，做了兩次，等了四天，最后都白白浪費(fèi)了。其實(shí)后...
-
maSigPro 處理時間序列轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)時間序列研究的是基因表達(dá)的動態(tài)行為，測量的是一系列和時間點(diǎn)之間有強(qiáng)烈相關(guān)性的過程。和針對某一時間點(diǎn)的基因表達(dá)進(jìn)行差異分析不同，時間序列更加關(guān)注是發(fā)現(xiàn)基因表達(dá)的趨勢，以有助于理...
-
小鬼的MeRIPseqPipe分析拆解04-rRNA去除數(shù)據(jù)預(yù)處理之后是rRNA去除，這一步驟是可選步驟。 使用Hisat2去除數(shù)據(jù)中的rRNA的原代碼，摳出來看看： 一、rRNA序列下載 在之前的教程中，我使用的NCBI的rRN...
-
RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析丨一套完整的案例流程
今天分享的學(xué)習(xí)筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡單流程，適用于初學(xué)者入門閱讀，從原始測序數(shù)據(jù)開始，經(jīng)過質(zhì)控、序列比對、定量表達(dá)、差異表達(dá)、功能富集等一系列分析步驟，最終獲得基因表達(dá)信息。...
-
13.時間序列數(shù)據(jù)分析
利用implut 時間序列數(shù)據(jù)分析的部分綜述http://www.itdecent.cn/p/94520ce07c95[http://www.itdecent.cn/p/...
-
4、RNAseq(4)--Hisat2進(jìn)行序列比對及Samtools格式轉(zhuǎn)化概況：使用處理后的fastq文件和基因組與轉(zhuǎn)錄組比對，確定在轉(zhuǎn)錄組或者基因組中的關(guān)系。在轉(zhuǎn)錄組和基因組的比對采取的方案不同。分別是ungapped alignment to ...
-
RNA-seq轉(zhuǎn)錄組差異分析及可視化關(guān)于RNAseq Nature重磅綜述 |關(guān)于RNA-seq，你想知道的都在這[https://app.yinxiang.com/fx/f8c7f63c-a05e-4ebf-...
-
測序質(zhì)量分析 —— FastQCFastQC是一款依賴Java環(huán)境的高通量序列數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制工具，目的是為高通量測序的原始序列數(shù)據(jù)提供一種簡單的質(zhì)量控制檢查方法。它提供了一組模塊化的分析，在后續(xù)分析前，快速...
