在群體遺傳學(xué)研究中，LD連鎖不平衡分析是最常見的分析內(nèi)容，也是關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)。如何正確理解并且進(jìn)行相關(guān)的LD連鎖不平衡分析是群體遺傳中很基本的一件事情。下面和大家一起學(xué)習(xí)一下...
IP屬地：俄勒岡州
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LD衰減圖的理解與應(yīng)用
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用excel操作序列（引物設(shè)計(jì)）介紹 最早是我讀研究生一年級(jí)時(shí)，用VBA處理過一些DNA序列處理（word）、繪制圖片（Powerpoint），也寫過幾個(gè)excel函數(shù)用于DNA oligo的基本分析和操作...
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Building Muscle 5.1.osx-arm64
近日想構(gòu)建一個(gè)進(jìn)化樹，需要用到幾個(gè)軟件。參考了白洋組之前發(fā)表在《遺傳》[http://www.chinagene.cn/CN/10.16288/j.yczz.19-222]雜...
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高通量測(cè)序數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)記錄（三）：Pathway Analysis及GSEAPathway Analysis討論及基因富集分析軟件（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）使用實(shí)戰(zhàn) 在所有物是人非的景色里，我最中意你。 背...
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質(zhì)粒系列之再談無縫連接--Gibson assembly
我們用兩篇文章的篇幅大概講了一遍質(zhì)粒骨架及其各個(gè)要素的介紹：解剖式學(xué)習(xí)一個(gè)質(zhì)粒結(jié)構(gòu)--update[http://www.itdecent.cn/p/e6c5852f60c...
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轉(zhuǎn)錄組分析5——差異表達(dá)分析差異表達(dá)分析內(nèi)容：? 基因表達(dá)量的標(biāo)準(zhǔn)化方法及可視化? counts，RPKM，F(xiàn)PKM，TPM? PCA圖、熱圖等? 差異表達(dá)分析及可視化? limma-voom，edge...
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R數(shù)據(jù)可視化17:?；鶊D感覺100年沒有上簡(jiǎn)書，近2個(gè)月忙于畢業(yè)論文以及公眾號(hào)推文，沒有時(shí)間更文章。終于前幾天交了論文呢，可以回來更文了。沒錯(cuò)我只是在為我的懶惰尋找接口，今天我們來講一下?；鶊D（Sa...
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R 數(shù)據(jù)科學(xué)（十五）—summarize函數(shù)+group_by函數(shù)記住是summarize函數(shù)而不是summarise函數(shù) summarize函數(shù)可以進(jìn)數(shù)據(jù)框折疊成一行 計(jì)數(shù)本質(zhì)上返回的是分組后的行數(shù) group_by為分組函數(shù)，是如果我們...
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主要關(guān)注于脊椎動(dòng)物適應(yīng)性進(jìn)化與比較基因組學(xué)研究<br>簡(jiǎn)書原賬號(hào)：WhyDoWeAge
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標(biāo)準(zhǔn)差與標(biāo)準(zhǔn)誤
標(biāo)準(zhǔn)差 在統(tǒng)計(jì)中，標(biāo)準(zhǔn)差是一種用于量化一組數(shù)據(jù)值的變化或分散程度的度量。一個(gè)較大的標(biāo)準(zhǔn)差，代表大部分?jǐn)?shù)值和其平均值之間差異較大；一個(gè)較小的標(biāo)準(zhǔn)差，代表這些數(shù)值較接近平均值。 ...
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panel.spacing解決了我許久的強(qiáng)迫癥一直以來畫分面圖都有一個(gè)小小的缺陷，如圖1所示不能消除分面之間的間距，今天終于發(fā)現(xiàn)原來可以通過panel.spacing函數(shù)來調(diào)整間距，強(qiáng)迫癥終于得到了滿足
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Manipulating Data - 重命名因子水平
問題 你想要重命名因子水平。 方案 最簡(jiǎn)單的辦法是使用plyr包中的revalue()或者mapvalues()函數(shù)。 如果你不想要依賴plyr包，你可以使用R的內(nèi)置函數(shù)進(jìn)行...
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預(yù)測(cè)motif的計(jì)算原理（extend motif）前言： 蛋白質(zhì)中功能的基本單元是domain,是一種特殊的三維結(jié)構(gòu)，不同結(jié)構(gòu)的domain與其他分子特異性結(jié)合從而發(fā)揮功能。與此類似，轉(zhuǎn)錄因子在于DNA序列結(jié)合時(shí)，其結(jié)合位點(diǎn)...
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Sequence Read Archive (SRA)
Sequence Read Archive (SRA) 2021.8.13 HuPY 1. OverView Prepare the following informatio...
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周運(yùn)來，男，長大了才會(huì)遇到的帥哥，穩(wěn)健，瀟灑，大方，靠譜。一段生信緣，一棵技能樹。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
