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從reads counts手動計(jì)算TPM -
最全bcftools使用說明--只看本文就夠了1 簡介 BCFtools 是一款多種實(shí)用工具的集合，它可以用于處理VCF文件和二進(jìn)制的BCF文件。它可以接受VCF格式、壓縮的VCF格式以及BCF格式，并能自動檢測輸入的格...
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組學(xué)工具合集
組學(xué)工具合集 整理了一些目前知道的與組學(xué)相關(guān)的工具，可能不全面，歡迎補(bǔ)充 基因組學(xué) 一代組裝 Celera Assembler: 最具代表性的工具 二代組裝 Minia SP...
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前輩，有空做個(gè)識別gff3的嗎??
如何提取一個(gè)基因組中所有intron
最近有個(gè)任務(wù)需要從基因組中提取所有的內(nèi)含子（intron）區(qū)域。一開始覺得很簡單，用ensembl上的biomart或者ucsc genome browser一頓猛點(diǎn)應(yīng)該就可...
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如何提取一個(gè)基因組中所有intron
最近有個(gè)任務(wù)需要從基因組中提取所有的內(nèi)含子（intron）區(qū)域。一開始覺得很簡單，用ensembl上的biomart或者ucsc genome browser一頓猛點(diǎn)應(yīng)該就可...
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什么樣的背景顏色適合閱讀，對眼睛好的閱讀背景設(shè)置
如何能夠給用戶提供一個(gè)良好的綜合體驗(yàn)環(huán)境。這一點(diǎn)，今天對站內(nèi)文章什么樣的背景顏色適合閱讀的問題進(jìn)行了一定的研究和測試，希望能找到一些能夠讓用戶讀起來比較舒服，對用戶眼睛比較好...
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NCBI中編號/編碼說明
【NCBI編號】NCBI中編號/編碼說明 在日常分析中，我們在NCBI數(shù)據(jù)中常常見到AC、NC、NM、NR、NP、NG等各類編號，這類編號分別代表著怎樣的含義？我們該如何根據(jù)...
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前輩你好！非常感謝您的教程！我在區(qū)分不同峰的時(shí)候有些疑惑，您的例子里分開的兩個(gè)峰的縱坐標(biāo)frequency好像與總圖上的比例不同，我注意到ks_area與area這兩個(gè)參數(shù)，您調(diào)整的是ks_area，我有點(diǎn)不明白這兩個(gè)參數(shù)區(qū)別是什么
如何用WGDI進(jìn)行共線性分析(下)
在上一篇教程的最后，我寫道「我們能夠更加直觀的觀察到2個(gè)peak，基本確定2個(gè)多倍化事件」。這里就引出了一個(gè)問題，為什么我們可以根據(jù)peak來推斷多倍化時(shí)間？在Lynch和C...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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WGDI | 比較基因組分析神器，要啥有啥！寫在前面 Emmm，前面推送了幾期好基友-比較基因組小王子的 WGDI 軟件使用和比較基因組圖表解讀。后臺常常受到消息，大體意思“快更新！”。原本，我和小王子商量的是一周一更...
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exonerate安裝
目前搜不到exonerate安裝教程，但涉及本人使用，安裝也順便寫了。 wget http://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/vertebratege...
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2020-07-16 解決samtools報(bào)錯(cuò)：error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0
今天想使用samtools時(shí)突然報(bào)錯(cuò)： samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0:...
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前輩您好！我現(xiàn)在組裝的基因組有一個(gè)讓人很頭疼的問題就是重復(fù)序列很多，我重新研究了下genomescope預(yù)測的結(jié)果，發(fā)現(xiàn)了這樣的情況：當(dāng)只將出現(xiàn)小于1000次的K-mers納入統(tǒng)計(jì)時(shí)，預(yù)測基因組大小為213.6Mb；當(dāng)將出現(xiàn)小于100000次的K-mers納入統(tǒng)計(jì)時(shí)，預(yù)測基因組大小為255.5Mb，而gce預(yù)測的在270Mb。
隨后我將canu組裝出的月260Mb的contigs使用purge_dups去除冗余后，發(fā)現(xiàn)只剩214Mb左右的堿基了，hap.fa中多數(shù)都被標(biāo)注為HAPLOTIG和REPEAT。
請問您這種情況該如何取舍呀「基因組組裝」使用Canu2.0版本的需要注意一個(gè)重要改動
在GitHub上向作者請教這個(gè)問題后，作者的答復(fù)是：舊版Canu其實(shí)沒有真正的檢測到bubble，因此contig其實(shí)包含著buble，建議后續(xù)分析要用purge_dups ...
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conda 創(chuàng)建/刪除/重命名 環(huán)境
創(chuàng)建新環(huán)境 刪除環(huán)境 重命名環(huán)境 conda 其實(shí)沒有重命名指令，實(shí)現(xiàn)重命名是通過 clone 完成的，分兩步： 先 clone 一份 new name 的環(huán)境 刪除 old...
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耗時(shí)很長的程序忘加nohup就運(yùn)行了怎么辦？
在NGS基礎(chǔ)：測序原始數(shù)據(jù)下載一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump從NCBI下載原始測序數(shù)據(jù)，命令如下。 這個(gè)代碼，給我們4個(gè)提示： fast...
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前輩我想請教下, 我遇到了個(gè)前一個(gè)峰比第二個(gè)峰還高的情況, 但是與模擬的雜合度為2%的峰型一致, 我該怎么判斷是雜和峰還是重復(fù)峰呀
kmer分析的幾款軟件介紹
1.jellyfish 運(yùn)行jellyfish 2.使用 GCE 進(jìn)行基因組大小評估 GCE 軟件包中主要包含 kmer_freq_hash 和 gce 兩支程序。前者用于進(jìn)...
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kmer分析的幾款軟件介紹1.jellyfish 運(yùn)行jellyfish 2.使用 GCE 進(jìn)行基因組大小評估 GCE 軟件包中主要包含 kmer_freq_hash 和 gce 兩支程序。前者用于進(jìn)...
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jellyfish:快速計(jì)算kmer分布
歡迎關(guān)注"生信修煉手冊"！ jellyfish可以統(tǒng)計(jì)DNA序列中Kmer的分布，它運(yùn)行速度快，內(nèi)存消耗低，支持并行，是最常用的kmer統(tǒng)計(jì)軟件之一。 官網(wǎng)如下： http:...
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sam格式詳細(xì)說明
The SAM Format Specification(sam格式說明) 1 The SAM Format Specification sam是一種序列比對后的輸出格式，以...
