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生存分析（一）-- 生存分析基礎 -
OMIM 數據庫詳細介紹1 OMIM數據庫基礎介紹 1.1 基礎介紹 OMIM數據庫，OMIM 為“0nline Mendelian Inheritance in Man”的簡稱，人類在線孟德爾遺傳...
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2021-評估不同軟件組合檢測ONT數據中germline SV的表現
1.Bolognini, D. & Magi, A. Evaluation of Germline Structural Variant Calling Methods fo...
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也許是得到的是空值，返回的結果不能轉換成string.
htslib 的使用( C++ 處理BAM文件）
背景 在處理NGS 數據時，尤其是突變的檢測。我們需要對bam 文件進行讀寫。 目前有相對方便的庫 pysam 和 htsjdk ，這兩個庫提供的api 可以方便python...
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從參考基因組快速讀取指定序列
介紹 faidx 是FASTA 和 FASTQ 文件的隨機讀取索引。 描述 fai index 一般以文件名增加.fai 后綴，作為文件的名稱。 fasta 文件 fai i...
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NGS Mapping 軟件 Bowtie 算法介紹簡介 Bowtie是目前流行的一款DNA、RNA 序列比對軟件，開源免費。Bowtie的技術路線基于BWT-FM。BWT-FM 法對內存的消耗很小，被很多工具采用。但是當序列...
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NGS 數據mapping 算法簡介
簡介 取得測序序列信息后，在有參考基因的情況下我們通過Mapping 到參考基因組進行后續(xù)分析；沒有則重頭拼接序列。 一般而言，基因組的組裝將比read alignment ...
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iterm2記住帳號密碼一鍵登錄遠程服務器目的：快速一鍵登錄遠程服務器。 1. 先創(chuàng)建一個腳本待用（ssh登錄騰訊云舉例） 2. 配置iterm2，菜單欄選擇profiles --> Open Profiles（快...
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htslib 的使用( C++ 處理BAM文件）
背景 在處理NGS 數據時，尤其是突變的檢測。我們需要對bam 文件進行讀寫。 目前有相對方便的庫 pysam 和 htsjdk ，這兩個庫提供的api 可以方便python...
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NGS 中 DNA?damage?的鑒別背景 這是一篇文獻（DNA damage is a major cause of sequencing errors, directly confounding varian...
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IGV 自定義Reads 顏色目的 IGV 經常被用于可視化檢查NGS測序數據，尤其提供給人直觀的突變信息，大量應用于腫瘤診斷行業(yè)以及NGS的科研領域中。 在腫瘤診斷領域，對自動化檢查出來的突變，進行IG...
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基因組學中的深度學習全文6,743字，閱讀30分鐘。 這一篇文章的主題是深度學習在基因組學中的應用情況的。文章較長，讀完要花些時間，不過我的建議是通讀第一部分——關于如何進行模型訓練的內容，讀完...
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Pysam BAM操作SAM/BAM/CRAM files class pysam.AlignmentFile filepath_or_object 既可以是 文件路徑，也可以是文件對象； 如果輸...
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Python replace 函數增加正則支持
Python 的 replace 方法沒有正則功能，所以對字符串的替換有局限。 re 模塊的 re.sub 可以利用正則進行字符替換，但是使用比較麻煩，字符串多次替換顯得笨...
