@3_85a9 prokka 是做細(xì)菌病毒的吧。我是做植物的，基因預(yù)測(cè)現(xiàn)在用maker，里面集成了很多過(guò)去的預(yù)測(cè)軟件，功能注釋的軟件就多了，不同的數(shù)據(jù)庫(kù)都有對(duì)應(yīng)的軟件根據(jù)序列去檢索注釋，InterProScan可注釋的數(shù)據(jù)庫(kù)比較多。
「生信」基因組功能注釋后的基因篩選目錄寫在前面功能注釋數(shù)據(jù)庫(kù)介紹方法一: 以KEGG的注釋結(jié)果為主, 篩選出每個(gè)品種包含的特異通路及基因方法二: 利用pfam的注釋結(jié)果, 過(guò)濾掉每個(gè)品種具有相同結(jié)構(gòu)域的基因,...
WGCNA分析過(guò)程中，你可以得到edge和node的文件，里面有你某一個(gè)module里所有基因相互之間的connectivity的weight值，根據(jù)這些值你可以將它們之間的...
一、需要的數(shù)據(jù) （1）eggnog對(duì)基因的注釋(名字例如叫:egg.tsv) TSV格式 （2）ko00001.json文件 下載地址：https://www.genome....
這篇文章可以讓你學(xué)到什么？ 可以讓你把這樣的圖： 通過(guò)設(shè)置各種參數(shù)修改為這樣自定義的圖： 一、 本文使用的數(shù)據(jù) 我們使用R內(nèi)置的數(shù)據(jù)集Chickweight來(lái)進(jìn)行畫圖的學(xué)習(xí)，...
安裝并加載所需R包 基本用法 常用參數(shù) 加載并查看示例數(shù)據(jù) 基本數(shù)據(jù)格式： 前三列分別為SNP的名稱，所在染色體，SNP的位置，后面每列為不同性狀的P值，每個(gè)性狀單獨(dú)一列 默...
首先按下 ?Command + ?Option + I（Windows 為 F12）快捷鍵，召喚出調(diào)試界面。調(diào)試頁(yè)面 按下 ?Command + ?Shift + P（Win...
簡(jiǎn)介 柱狀圖一般用于，當(dāng)我們都有一組分類變量以及每個(gè)類別的定量值，而我們關(guān)注的主要重點(diǎn)是定量值的大小時(shí)。 應(yīng)該在柱狀圖背景保留橫網(wǎng)格線，便于比較我們關(guān)注的值。 當(dāng)分類labe...
更新于2020.10.29 在進(jìn)行正式的mapping記錄之前，先記錄一下bwa與bowtie2在mapping這個(gè)環(huán)節(jié)的情況。 一般對(duì)于WGS結(jié)果的mapping，一般推薦...
什么是組間差異檢驗(yàn)？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗(yàn)，應(yīng)用統(tǒng)計(jì)學(xué)上的假設(shè)檢驗(yàn)方法，檢驗(yàn)組間是否有差異及其差異程度。坦率地講，所有的差異檢驗(yàn)都基于一個(gè)假設(shè)：組間沒(méi)有差異，變量之...
概念回顧 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。 用于衡量種群分化程度，取值從0到1，為0則認(rèn)為...
基因組survey 在組裝基因組之前一定要先對(duì)要組裝的物種有一個(gè)大致的了解，判斷其復(fù)雜程度, 標(biāo)準(zhǔn)如下 基因組大小：基因組越大，測(cè)序花的錢越多 簡(jiǎn)單基因組: 雜合度低于0.5...
GCE下載安裝 在Linux系統(tǒng)下，直接在下載鏈接ftp中下載安裝。 GCE主要包含兩個(gè)主程序：kmer_freq_hash，用于k-mer頻數(shù)統(tǒng)計(jì)；gce，用于基因組特征評(píng)...
軟件安裝 軟件地址在http://www.compgen.uni-muenster.de/tools/teclass/index.hbi?, 由于TEclass這個(gè)軟件已經(jīng)許...
一般來(lái)說(shuō)，PCA分析2個(gè)圖夠了，以iris數(shù)據(jù)為例，在經(jīng)過(guò)PCA分析后，我們可以得到第一章碎石圖，表示PC1，2，3，4的特征向量值，可以據(jù)此選擇保留的主成分（通常選擇特征向...
最近想用自己有的數(shù)據(jù)做一下基因滲入的分析。由于之前沒(méi)有了解過(guò)太多這方面的知識(shí)，于是從github上找到了一份不錯(cuò)的教程，借此機(jī)會(huì)與大家一起學(xué)習(xí)一下。 該教程的總結(jié) 隨機(jī)測(cè)序生...
MAKER配置文件詳解 本文翻譯自http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/The_MAKER_cont...
轉(zhuǎn)自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因組重測(cè)序是通過(guò)對(duì)已有參考序列（...
