單行命令，化繁為簡，重劍無鋒，大巧不工。接下來學習生信實用單行命令。 基礎(chǔ)awk和sed命令 sed: stream editor流編輯器 提取文件的2，4，5列： 輸出文件...
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【linux】單行命令-第2部分：Bioinformatics one-liners
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個流程，并提供了基本的命令，用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出來...
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MegaBlast—更快得定位目標序列
introduction 序列比對是生物信息中永不過時的一個話題，是任何想要入行的人都必須掌握的一項技能。把一段序列定位到一個基因組上，找到它的同源序列，更是其中的一個經(jīng)典問...
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【不定期更新】Bedtools大全--42個子命令介紹參考鏈接： 用法大全: 官方說明：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/overview.htmlBedtool...
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WGS全基因組分析||VCFTOOLS使用
寫在前面：當學習某一重要文件格式時，更需要對此格式對應軟件工具進行全面的學習（如sam/bam——samtools）。在多次花時間寫腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn)，80%左右的任務(wù)其實...
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比對軟件（DNA or RNA序列）的區(qū)別
文章僅是記錄自己的學習使用，有錯誤請指出，我立刻改正！ 更多說明：https://zhuanlan.zhihu.com/p/451939113[https://zhuanla...
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從零開始完整學習全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第1節(jié) DNA測序技術(shù)前言 基因測序已是時下熱門，目前除了華大基因之外，其他分布于全中國的大型測序平臺（HiSeq X 10）還有約10個，每個每年大概能完成1.8萬人的高深度全基因組測序，加起來...
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從零開始完整學習全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第4節(jié) 構(gòu)建WGS主流程這篇文章很長，超過1萬字，是本系列中最重要的一篇，因為我并非只是在簡單地告訴大家?guī)讞l硬邦邦的操作命令。對于新手而言不建議碎片時間閱讀，對于有一定經(jīng)驗的老手來說，相信依然可以有...
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Meta genomics Covid review
Metagenomic analysis reveals oropharyngeal microbiota alterations in patients with COVI...
