固定效應(yīng)模型 固定效應(yīng)模型假設(shè)所有效應(yīng)量都來自一個(gè)單一的相同總體。它指出所有研究都具有相同的真實(shí)效應(yīng)量。這個(gè)真實(shí)的效果是我們想要在meta分析中計(jì)算的整體效果大小，表示為 \...
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meta分析 2. 固定效應(yīng)和隨機(jī)效應(yīng) -
meta分析 1. Risk Ratio
定義 風(fēng)險(xiǎn)比（也稱為相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)）是兩種風(fēng)險(xiǎn)的比率。風(fēng)險(xiǎn)本質(zhì)上是比例當(dāng)我們處理二元或二分的結(jié)果數(shù)據(jù)時(shí)，可以計(jì)算它們。 我們使用術(shù)語“風(fēng)險(xiǎn)”而不是“比例”，因?yàn)檫@種類型的結(jié)果數(shù)據(jù)經(jīng)...
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文獻(xiàn)閱讀 | RBPs | Analysis of RNA-protein networks with RNP-MaP defines functional hubs on RNA文獻(xiàn)：通過RNP-MaP確定RNA與蛋白質(zhì)作用的核心功能區(qū)域的方法來分析RNA-蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò) 發(fā)表時(shí)間：2021年3月 BACKGROUND 作者 生物化學(xué)實(shí)驗(yàn)室，研究領(lǐng)域...
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GEO DataSets數(shù)據(jù)集的高級(jí)檢索與批量篩選根據(jù)所需構(gòu)建的數(shù)據(jù)庫內(nèi)容，運(yùn)用NCBI的高級(jí)檢索功能，在GEO datasets中進(jìn)行數(shù)據(jù)集的檢索。此處可以對(duì)檢索范圍進(jìn)行詳細(xì)的框定，方便后續(xù)的文獻(xiàn)篩選，提高效率。 得到初步...
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GEO與SRA數(shù)據(jù)庫|編號(hào)的對(duì)應(yīng)與數(shù)據(jù)批量下載一、GEO Datasets各種編號(hào)的意義 首先需要捋清楚GEO Datasets中的各種編號(hào)。 GPL，platform ID。記錄測(cè)序或芯片的平臺(tái)，對(duì)于芯片平臺(tái)，其包含基...
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文獻(xiàn)閱讀|新冠進(jìn)化起源|Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID...文獻(xiàn)：導(dǎo)致 COVID-19 的 SARS-CoV-2 sarbecovirus 譜系的進(jìn)化起源 發(fā)表時(shí)間：2020年7月 文章整體思路 1、無斷點(diǎn)基因組區(qū)域的重組分析與鑒定...
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Caret Package – A Practical Guide to Machine Learning in R
利用caret包的createDataPartition()函數(shù)將數(shù)據(jù)集分為一定比例的訓(xùn)練集和驗(yàn)證集 Create the training and test dataset...
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EEG腦電數(shù)據(jù)預(yù)處理-原理篇本文不涉及具體的操作步驟，而是對(duì)腦電數(shù)據(jù)預(yù)處理中的每一步進(jìn)行解說，根據(jù)我自己的經(jīng)驗(yàn)來解釋為什么要這么做，希望能夠?qū)側(cè)腴T腦電數(shù)據(jù)的朋友有所幫助。如果發(fā)現(xiàn)有什么錯(cuò)漏之處，也請(qǐng)指...
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R語言數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換（一）2021.2.251、數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換 對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行操作，驗(yàn)證數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù)類型有兩種方法 class函數(shù) is函數(shù)（可以用methods(is)和methods(as)來查看對(duì)應(yīng)包含的命令） 1.1 將...
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R語言數(shù)據(jù)預(yù)處理2021.3.51. 數(shù)據(jù)預(yù)處理 處理數(shù)據(jù)的一開始就是要將數(shù)據(jù)合乎規(guī)則，也就是將數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化， 因?yàn)槭占降臄?shù)據(jù)有的列可能是只有兩位數(shù)，有的列則數(shù)十萬，對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化可以將待數(shù)據(jù)處理到...
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常見分析方法 | PCA、PCoA和NMDS有什么區(qū)別？核心思想-降維首先我們要明白一個(gè)概念：降維。 無論是主成分分析（PCA）、主坐標(biāo)分析（PCoA）、非度量多維尺度分析（NMDS），還是冗余分析（RDA）、典范對(duì)應(yīng)分析（CCA...
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R語言 熱圖-組學(xué)分組數(shù)據(jù)+歸一化R語言 熱圖-組學(xué)分組數(shù)據(jù)+歸一化 使用R語言對(duì)組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化并繪制熱圖 結(jié)果速覽 需要軟件環(huán)境 Windows 10R-4.0.4R Studio: Version 1...
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GSEA算法學(xué)習(xí)GSEA文獻(xiàn)閱讀1.重要解釋Ranked Gene List L：該基因列表為待檢測(cè)的數(shù)據(jù)集（通常為試驗(yàn)獲得的表達(dá)矩陣文件）；Gene Sets S：該基因集為已知功能注釋的...
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單細(xì)胞測(cè)序文獻(xiàn)閱讀及補(bǔ)充Single-cell RNA sequencing: Technical advancements and biological applications[1] Abstr...
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Linux服務(wù)器配置R
讓我們使用conda search r-base在conda的頻道中檢索： ... r-base 3.5.1 hfb2a302_1009 anaconda/cloud/con...
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WGCNA數(shù)據(jù)導(dǎo)入進(jìn)行WGCNA要注意，WGCNA輸入（INPUT）的是：行對(duì)應(yīng)著一個(gè)樣品，列對(duì)應(yīng)著探針的矩陣或者數(shù)據(jù)框。 1.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 做基因表達(dá)譜構(gòu)建，我們必須要有這兩個(gè)文件（如圖），前往...
