網(wǎng)上流傳較廣的50道SQL訓(xùn)練，奮斗了不知道多久終于寫完了。前18道題的難度依次遞增，從19題開始的后半部分算是循環(huán)練習(xí)和額外function的附加練習(xí)，難度恢復(fù)到普通狀態(tài)。...
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50道SQL練習(xí)題及答案與詳細分析 -
DNA甲基化測序數(shù)據(jù)處理（一）：數(shù)據(jù)比對前言 因為組里面出了一批甲基化測序數(shù)據(jù)，使用的技術(shù)為BS-seq，處理的時候順帶記錄了學(xué)習(xí)過程，演示使用數(shù)據(jù)為官方提供的example.fastq。 DNA甲基化及CpG島定...
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linux 三劍客（awk、sed、grep）
linux 三劍客，處理文本文件三個強大的命令。awk 處理格式文本非常有效率；sed 通過逐行遍歷文件，能有效完成文件查找和修改；grep 通過正則表達式匹配，實現(xiàn)文件的模...
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關(guān)于學(xué)問和知識的有機化對于學(xué)問二字，你如何理解？對于讀書，你有怎樣的看法？對于知識的吸收與消化，你有何看法？對于這些問題的討論，朱光潛的《人生九論》都有通俗而透徹的解答。那么這篇文章就是自己在閱讀...
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Multiqc（轉(zhuǎn)錄組分析之質(zhì)量評估）
fastqc是一款基于java的軟件，能夠?qū)y序數(shù)據(jù)的質(zhì)量進行評估。一個樣本生成一個報告，當樣本量過多時，逐一查看樣本質(zhì)量就稍顯不方便，multiqc是一個基于Python的...
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snakemake 應(yīng)用介紹
接觸到一個生信分析項目，作者基于snakemake 串起了17個用python 腳本編寫的分析流程。自己在搭建的Linux 環(huán)境下，測試了這些腳本。此文簡要介紹snakema...
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經(jīng)典算法思想2-動態(tài)規(guī)劃動態(tài)規(guī)劃（dynamic programing），通常用于求解具有某種最優(yōu)性質(zhì)的問題。動態(tài)規(guī)劃算法與分治法類似，其基本思想也是將待求解問題分解成若干個子問題，先求解子問題，然...
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經(jīng)典算法思想1-分治算法
分而治之，分治算法（divide and conquer），是計算機科學(xué)中非常重要的算法之一。該算法的核心思想可概括為，分解與合并。即把一個復(fù)雜的問題分成兩個或更多的相同或相...
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5種排序算法的實現(xiàn)（python）
包括冒泡排序、選擇排序、插入排序、快速排序和歸并排序。前三者的時間復(fù)雜度為O（n*n）,后兩者的時間復(fù)雜度為O（nlogn），兩者的基本思想都是分治和遞歸。 1. 冒泡排序 ...
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[python] ThreadPoolExecutor線程池初識 Python中已經(jīng)有了threading模塊，為什么還需要線程池呢，線程池又是什么東西呢？在介紹線程同步的信號量機制的時候，舉得例子是爬蟲的例子，需要控制同時爬取的線程...
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單細胞綜述之整合分析文章發(fā)表于nature review genetics：Integrative single- cell analysis，作者是Tim Stuart與Rahul Satij...
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2019-06-30第三天Seurat v3：Comprehensive Integration of Single-Cell Datatitle：Comprehensive Integration of Single-Cell Data journal：cell IF:36.21 概述：在目前測序進入單細胞...
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【單細胞轉(zhuǎn)錄組】monocle 腳本小記文章轉(zhuǎn)自：作者：周運來就是我 鏈接：http://www.itdecent.cn/p/66c387e1de3d 來源：簡書 著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請聯(lián)系作者獲得授權(quán)，非...
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windows 下在NCBI批量下載SRR 數(shù)據(jù)如果在GEO數(shù)據(jù)庫上一篇文章包括了多個樣本，對應(yīng)到多個SRR run，那么此時一個批量下載SRR 數(shù)據(jù)的命令就非常方便了。當然，關(guān)鍵在于，你能獲得對應(yīng)的SRR id 或者sr...
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六種方法查看R函數(shù)源代碼，為啥第三種最惹人喜歡？所謂：操千曲而后曉聲，觀千劍而后識器。 作為一個開源軟件，R的一個非常大的優(yōu)點就是我們可以隨意查看所有算法的源代碼，在對這些源代碼進行分析的過程中不僅可以加深對算法的認識，而...
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庫存分析R語言實現(xiàn)方法通過R腳本實現(xiàn)庫存分析的兩個內(nèi)容，一是庫存結(jié)余量隨時間變化的折線圖和月同柱狀圖，二是各個門店庫存結(jié)余隨時間變化的熱力圖。 R腳本繪制折線圖和條形圖 R腳本實現(xiàn)門店信息熱力圖 ...