2021.02.14今天收集了三個(gè)與譜系分化有關(guān)的單細(xì)胞高級(jí)算法：MAGIC（2018 Cell），PHATE（2019 NBT），Palantir（2019 NBT）。它們...
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單細(xì)胞譜系分化高級(jí)算法 -
EGA(European Genome-Phenome Archive)數(shù)據(jù)申請(qǐng)下載2023-6-13更新 太大的數(shù)據(jù)還是放棄下載吧幾個(gè)月過去，本來以為pyega3不行的話ascp肯定行結(jié)果43T下載下來17T，c4gh解碼失敗了一半有這些時(shí)間干點(diǎn)啥不好，裂...
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單細(xì)胞smart-seq2建庫(kù)原理應(yīng)用單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)研究科學(xué)問題越來越普遍，當(dāng)下應(yīng)用最火熱的是10X Genomics公司的解決方案，但是在某些特殊或者少量細(xì)胞樣本的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組研究中，Smart-seq2技...
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【轉(zhuǎn)錄組07】樣本表達(dá)分布、相關(guān)性分析&差異表達(dá)分析一.樣本表達(dá)分布 箱式圖 小提琴圖 概率密度分布圖 以上三個(gè)圖結(jié)合起來可以看總體樣本表達(dá)分布圖 二.樣本的相關(guān)性 層次聚類樹————通過計(jì)算點(diǎn)與點(diǎn)之間的空間距離對(duì)樣本進(jìn)行類別...
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單細(xì)胞 & 空間整合去批次方法比較作者，追風(fēng)少年i hello，大家好，沒有最好，只有更好，因?yàn)閱渭?xì)胞這張關(guān)系網(wǎng)越來越大了。 今天繼續(xù)回答粉絲提出的問題，關(guān)于多樣本整合方式的問題，方式有很多種，我先把常見的列...
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Seurat的三種單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合方法匯總（批次校正）2022-05-24
關(guān)鍵詞 批次效應(yīng) 批次校正 單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合 適用背景 單細(xì)胞數(shù)據(jù)由于實(shí)驗(yàn)平臺(tái)或樣本等原因會(huì)造成不同數(shù)據(jù)集之間存在批次效應(yīng)，這種批次效應(yīng)是人為因素造成的，沒有實(shí)際的生物學(xué)意義，...
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跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當(dāng)我們進(jìn)行跨物種比較分析時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)基因名對(duì)不上，或者找不到基因，這時(shí)候就需要進(jìn)行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外還查到NCB...
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安裝R包 x86_64-conda_cos6-linux-gnu/bin/ld: cannot find -lxxx 問題解決
問題 安裝R包（ade4）時(shí)遇到以下問題（缺少庫(kù)文件）： 從報(bào)錯(cuò)信息可以看出報(bào)錯(cuò)根本原因是找不到lapack和blas庫(kù)（-l 是lib的意思，xxx是庫(kù)名） 問題解決： 1...
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DoHeatmap畫熱圖時(shí)應(yīng)該注意的點(diǎn)日常瞎掰 ??通過標(biāo)題大家已經(jīng)知道今天我們分享的主要內(nèi)容了。DoHeatmap這個(gè)函數(shù)來自于Seurat包，處理過單細(xì)胞的人應(yīng)該都知道這個(gè)函數(shù)就是用來畫每個(gè)cluster的m...
