很久以前,我們在寫單細(xì)胞分析的時候,就寫過GSVA分析了,GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis,能夠分析基因集/通路的活性程度,具體的原...
很久以前,我們在寫單細(xì)胞分析的時候,就寫過GSVA分析了,GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis,能夠分析基因集/通路的活性程度,具體的原...
1 原始數(shù)據(jù)下載及轉(zhuǎn)換 從GEO下載原始數(shù)據(jù)需要使用官方工具SRA-tools,安裝SRA-tools 1.1 原始數(shù)據(jù)下載 進(jìn)入NCBI SRA數(shù)據(jù)庫[https://tr...
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組:smart-seq2 參考資料: Smart-seq2 scRNA小鼠發(fā)育學(xué)習(xí)筆記: http://www.itdecent.cn/p/23a8fcb1292...
使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個預(yù)處理步驟是去雙胞,而常用的一個R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
文中會對遇到的問題進(jìn)行解答,圖表部分也做了比較詳細(xì)的說明,對初學(xué)者比較友好,當(dāng)然知道實驗部分會讓你對數(shù)據(jù)如何得來的有一個整體的把握,知其然而知其所以然,分析和解釋數(shù)據(jù)起來會更...
grep()能對向量中特定條件的元素進(jìn)行查詢,默認(rèn)return為index。grep()語法與grep()大致相似,但默認(rèn)return為logical。 grep() 代碼如...
簡介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級功能,可以基于Seurat分析結(jié)果對象直接進(jìn)行可視化繪圖,主要依賴于Seurat V4,circlize,Compl...
經(jīng)常會遇到已經(jīng)有KO-number(代表基因家族信息)在各樣品中的豐度,如何轉(zhuǎn)換為level3等級的KEGG pathway(通路)豐度表呢? 目標(biāo)如下: 轉(zhuǎn)換為 首先你要通...
具有相同功能的基因被歸類到kegg orthology 中,每個KO 代表具體的一個功能。在生命活動中,往往需要多個功能單位共同發(fā)揮作用,比如多個蛋白質(zhì)構(gòu)成復(fù)合體來發(fā)揮調(diào)控作...