很久以前，我們在寫單細(xì)胞分析的時候，就寫過GSVA分析了，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis，能夠分析基因集/通路的活性程度，具體的原...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組GSVA分析更新及可視化 -
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之從fastq到counts1 原始數(shù)據(jù)下載及轉(zhuǎn)換 從GEO下載原始數(shù)據(jù)需要使用官方工具SRA-tools，安裝SRA-tools 1.1 原始數(shù)據(jù)下載 進(jìn)入NCBI SRA數(shù)據(jù)庫[https://tr...
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smart-seq2 實踐單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組：smart-seq2 參考資料： Smart-seq2 scRNA小鼠發(fā)育學(xué)習(xí)筆記: http://www.itdecent.cn/p/23a8fcb1292...
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結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個預(yù)處理步驟是去雙胞，而常用的一個R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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16S從實驗到數(shù)據(jù)分析最全流程文中會對遇到的問題進(jìn)行解答，圖表部分也做了比較詳細(xì)的說明，對初學(xué)者比較友好，當(dāng)然知道實驗部分會讓你對數(shù)據(jù)如何得來的有一個整體的把握，知其然而知其所以然，分析和解釋數(shù)據(jù)起來會更...
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R 函數(shù)筆記 | grep()函數(shù)與R語言中的正則表達(dá)式
grep()能對向量中特定條件的元素進(jìn)行查詢，默認(rèn)return為index。grep()語法與grep()大致相似，但默認(rèn)return為logical。 grep() 代碼如...
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plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)簡介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級功能，可以基于Seurat分析結(jié)果對象直接進(jìn)行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
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KO豐度轉(zhuǎn)換為pathway豐度經(jīng)常會遇到已經(jīng)有KO-number(代表基因家族信息)在各樣品中的豐度，如何轉(zhuǎn)換為level3等級的KEGG pathway(通路)豐度表呢？ 目標(biāo)如下： 轉(zhuǎn)換為 首先你要通...
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KEGG Module 數(shù)據(jù)庫
具有相同功能的基因被歸類到kegg orthology 中，每個KO 代表具體的一個功能。在生命活動中，往往需要多個功能單位共同發(fā)揮作用，比如多個蛋白質(zhì)構(gòu)成復(fù)合體來發(fā)揮調(diào)控作...
