R內(nèi)置基本配色 R自帶的grDevices包含有以下調(diào)色板： R中色彩相關(guān)的函數(shù) 使用RColorBrewer包配色 使用colorRampPalette()函數(shù)可以擴(kuò)展顏色...
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R語言常用配色大全 -
LD連鎖不平衡--PopLDdecay在群體遺傳學(xué)分析中，我們經(jīng)常會(huì)碰到關(guān)于連鎖不平衡的問題，當(dāng)然計(jì)算連鎖不平衡的軟件有很多，包括plink2、haploview等，今天在這里給大家分享一個(gè)計(jì)算連鎖不平衡的軟件-...
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CellRanger使用學(xué)習(xí)
本文參考多篇簡書教程（請(qǐng)查看本文最后的參考資料） 安裝 可查看10xgenomics官網(wǎng)安裝教程 下載參考基因組數(shù)據(jù) 可直接下載10xgenomics官網(wǎng)提供的已構(gòu)建好的索引...
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環(huán)境配置筆記12-解決SeuratData包InstallData()無法安裝數(shù)據(jù)集
近期Seurat官網(wǎng)國內(nèi)上不去，因此在服務(wù)器上也無法使用SeuratData包的InstallData()函數(shù)，有以下報(bào)錯(cuò)： 因此使用自己的電腦在RStudio中下載數(shù)據(jù)集，...
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不存在叫‘BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38’這個(gè)名字的程輯包
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38是生信技能樹TCGA課程中講到的需要使用的一個(gè)R包，所以我裝了一個(gè)，發(fā)現(xiàn)這個(gè)包十分不好安裝，現(xiàn)記錄過程如下，方便后續(xù)使用...
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seurat-SCTransform()解析-01satijalabsctransform包的github網(wǎng)址：https://github.com/ChristophH/sctransform[https://github...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析||Seurat并行策略隨著單細(xì)胞技術(shù)的成熟，單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析往往不再是單個(gè)組織樣本，這有時(shí)候在計(jì)算（資源與時(shí)間）上是一個(gè)挑戰(zhàn)。為此，Seurat也提供了可以探索的并行策略。鑒于入門單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的同...
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2021-05-26 單細(xì)胞分析之harmony與Seurat參考：生信會(huì)客廳 harmony原理 Harmony需要輸入低維空間的坐標(biāo)值（embedding），一般使用PCA的降維結(jié)果。Harmony導(dǎo)入PCA的降維數(shù)據(jù)后，會(huì)采用so...
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pySCENIC的轉(zhuǎn)錄因子分析及數(shù)據(jù)可視化（一）
參考生信技能樹：pyscenic的轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
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已經(jīng)做完GO enrichment,例如david結(jié)果, ggplot2可視化有一些已經(jīng)做完了GO enrichment, 得到了結(jié)果，才發(fā)現(xiàn)很多軟件都是直接給gene list做富集。如果已經(jīng)完成分析，照樣可以畫圖，代碼如下： 原始文件示例：Anno...
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samtools的安裝和使用--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一個(gè)用于操作sam和bam文件的工具合集。能夠?qū)崿F(xiàn)二進(jìn)...
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入門學(xué)習(xí)day7筆記——阿銳是起始又是結(jié)尾的思維導(dǎo)圖—— 一、測(cè)序過程和原理 測(cè)序的世界 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/101c14c3a1d...
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入門學(xué)習(xí)day6筆記——阿銳上思維導(dǎo)圖—— R包 R包是多個(gè)函數(shù)的集合，具有詳細(xì)的說明和示例。 一、安裝和加載R包 1.配置國內(nèi)鏡像 你還在每次配置Rstudio的下載鏡像嗎？ (qq.com)[htt...
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入門學(xué)習(xí)day5筆記——阿銳·先來點(diǎn)豆豆花花有用的小筆記 （6）表格在R語言中改名叫數(shù)據(jù)框（7）查看幫助：?read.table，調(diào)出對(duì)應(yīng)的幫助文檔，翻到example部分研究一下。（8）數(shù)據(jù)類型（重點(diǎn)...
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入門學(xué)習(xí)day4筆記——阿銳上思維導(dǎo)圖—— R語言入門 一、認(rèn)識(shí)R語言 1.概念 R是一種編程語言，也是統(tǒng)計(jì)計(jì)算和繪圖的環(huán)境，它匯集了許多函數(shù)，能夠提供強(qiáng)大的功能。R語言軟件界面簡陋，通常不直接使用，而...
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入門學(xué)習(xí)day3筆記——阿銳上思維導(dǎo)圖—— 一、Miniconda——linux的app store 如題，Miniconda確實(shí)如同linux的app store，通過整合下載軟件安裝包，使得不需要每...
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入門學(xué)習(xí)day2筆記——阿銳linux，我的老伙計(jì)！ 上思維導(dǎo)圖！ 一、了解linux 前段時(shí)間也看了知乎不少攻略，在學(xué)校圖書館借了點(diǎn)書基本自學(xué)完成了linux入門，個(gè)人強(qiáng)推《linux命令行大全》，雖...
