免疫組庫(kù)（Immune Repertoire，IR） 是指?jìng)€(gè)體在某個(gè)特定時(shí)間其循環(huán)系統(tǒng)中所有多樣性的T細(xì)胞和B細(xì)胞的總和，即V(D)J序列多樣性的集合。免疫組庫(kù)分析是指運(yùn)用高...
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全網(wǎng)最全免疫組庫(kù)分析流程+代碼復(fù)現(xiàn)（一）
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不錯(cuò)！STAR直接生成RNA-seq的基因定量結(jié)果??RNA-seq定量為人熟知的流程是先用STAR軟件做比對(duì)生成bam，然后使用featureCounts等軟件定量。不過(guò)，一直有一個(gè)疑問(wèn)，為什么不直接使用STAR軟件做基因...
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sam轉(zhuǎn)bam文件報(bào)錯(cuò)
在做BWA比對(duì)到參考基因組后，得到sam文件，在進(jìn)行sam轉(zhuǎn)bam時(shí)候遇到一個(gè)報(bào)錯(cuò)： [W::sam_read1] parse error at line 1 [main_s...
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基因突變檢測(cè)之Mutect2寫(xiě)在前面的話 今天是2021年1月3號(hào)，年底一番瞎忙活，停更了好長(zhǎng)一段時(shí)間的簡(jiǎn)書(shū)。人生中有個(gè)很重要伯樂(lè)導(dǎo)師告訴我，在這個(gè)事多的工作環(huán)境下，沒(méi)人愿意看你太多的廢話。直奔重點(diǎn)才是...
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2022-03-16引物設(shè)計(jì)及在線驗(yàn)證你設(shè)計(jì)的引物是否有用？在做實(shí)驗(yàn)之前可以做一個(gè)電子PCRqPCR引物設(shè)計(jì)+在線驗(yàn)證 方法一：NCBI上-probe1.之前NCBI上有一個(gè)probe選項(xiàng)可以直接設(shè)計(jì)引物，上面會(huì)...
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使用Trinity進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組組裝Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem開(kāi)發(fā)的RNA-Seq數(shù)據(jù) 轉(zhuǎn)錄組組裝工具，包括三個(gè)模塊， Inch...
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R語(yǔ)言對(duì)字體的調(diào)整對(duì)Rstudio中字體調(diào)整的糾結(jié)已經(jīng)由來(lái)已久，往往是在R編輯器上是正確的front，可是保存出來(lái)的front就變成了其它的，無(wú)論是使用Plot選項(xiàng)中的export pdf /...
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自己編寫(xiě)的用于Bilibili的油猴腳本
最近高強(qiáng)度使用Bilibili網(wǎng)頁(yè)版，為了使一些常用的操作更為便捷，于是寫(xiě)了一些油猴腳本。油猴腳本的具體使用方法見(jiàn)GreasyFork網(wǎng)站[https://greasyfor...
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聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關(guān)于共線性分析的微信/簡(jiǎn)書(shū)推送，發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯(cuò)誤地描述為“全基因組共線性”。這是兩個(gè)完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
