參考教程鏈接： https://github.com/dmcable/spacexr[https://github.com/dmcable/spacexr] 官方教程： ht...
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空間轉(zhuǎn)錄組2022||空間數(shù)據(jù)反卷積RCTD分析：full mode on Visium hippocampus -
單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開(kāi)的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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WGCNA 挑選軟閾值我們今天就搞清楚這兩個(gè)問(wèn)題：1.什么是無(wú)尺度分布2.手工計(jì)算軟閾值 無(wú)尺度分布 假如我問(wèn)大家，如果你想認(rèn)識(shí)世界上的任何一個(gè)人，需要通過(guò)幾個(gè)人來(lái)聯(lián)系？ 6個(gè)。 這個(gè)就是6度分隔...
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三種空間組學(xué)數(shù)據(jù)類(lèi)型的讀取你是否為各種各樣的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)類(lèi)型而眼花繚亂？你是否想要復(fù)現(xiàn)文章中的分析而倒在了數(shù)據(jù)讀入？你是否希望學(xué)習(xí)空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析卻又無(wú)從下手？今天，我們就和大家一起來(lái)學(xué)習(xí)多種類(lèi)型...
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TCGA數(shù)據(jù)下載和整理的三種方法TCGA數(shù)據(jù)下載方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtools 需要下載的數(shù)據(jù)組學(xué)信息（樣本）：（存儲(chǔ)單個(gè)病人表達(dá)數(shù)據(jù)，需整理為表達(dá)矩陣） + （存儲(chǔ)樣本文件的...
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R語(yǔ)言實(shí)踐一之下載GEO數(shù)據(jù)
目標(biāo)一：下載GEO數(shù)據(jù)，以GSE42872為例方法一：通過(guò)加裝GEOquery包，使用getGEO函數(shù)可以得到對(duì)應(yīng)GEO好的表達(dá)矩陣，注釋信息，樣本信息等。 此步驟Run后下...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08適用背景 之前寫(xiě)了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒(méi)有進(jìn)行可視化，...
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SCENIC/pySCENIC分析補(bǔ)充+小鼠數(shù)據(jù)示例2022-12-14
適用背景 之前寫(xiě)了兩篇博客（四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06[http://www.itdecent.cn/p/71...
