參考教程鏈接: https://github.com/dmcable/spacexr[https://github.com/dmcable/spacexr] 官方教程: ht...
參考教程鏈接: https://github.com/dmcable/spacexr[https://github.com/dmcable/spacexr] 官方教程: ht...
常用的細(xì)胞通訊軟件:CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]:是公開(kāi)的人工校正的,儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
我們今天就搞清楚這兩個(gè)問(wèn)題:1.什么是無(wú)尺度分布2.手工計(jì)算軟閾值 無(wú)尺度分布 假如我問(wèn)大家,如果你想認(rèn)識(shí)世界上的任何一個(gè)人,需要通過(guò)幾個(gè)人來(lái)聯(lián)系? 6個(gè)。 這個(gè)就是6度分隔...
你是否為各種各樣的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)類型而眼花繚亂?你是否想要復(fù)現(xiàn)文章中的分析而倒在了數(shù)據(jù)讀入?你是否希望學(xué)習(xí)空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析卻又無(wú)從下手?今天,我們就和大家一起來(lái)學(xué)習(xí)多種類型...
轉(zhuǎn)成seurat對(duì)象后image沒(méi)了,博主有遇到這個(gè)情況嘛
MaggieXie 評(píng)論自STOmics-seq:Stereopy教程(一)
TCGA數(shù)據(jù)下載方法:gdc-client,Xena和gdcRNAtools 需要下載的數(shù)據(jù)組學(xué)信息(樣本):(存儲(chǔ)單個(gè)病人表達(dá)數(shù)據(jù),需整理為表達(dá)矩陣) + (存儲(chǔ)樣本文件的...
目標(biāo)一:下載GEO數(shù)據(jù),以GSE42872為例方法一:通過(guò)加裝GEOquery包,使用getGEO函數(shù)可以得到對(duì)應(yīng)GEO好的表達(dá)矩陣,注釋信息,樣本信息等。 此步驟Run后下...
適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1],但生成的結(jié)果沒(méi)有進(jìn)行可視化,...
看到文件路經(jīng)就知道是BGI的了hhhh
SCENIC/pySCENIC分析補(bǔ)充+小鼠數(shù)據(jù)示例2022-12-14適用背景 之前寫了兩篇博客(四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06[http://www.itdecent.cn/p/71...
謝謝你很有幫助!
SCENIC/pySCENIC分析補(bǔ)充+小鼠數(shù)據(jù)示例2022-12-14適用背景 之前寫了兩篇博客(四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06[http://www.itdecent.cn/p/71...
適用背景 之前寫了兩篇博客(四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06[http://www.itdecent.cn/p/71...
適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級(jí)分析之一,本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程,具體原理和內(nèi)容不展開(kāi),主要展示代碼復(fù)現(xiàn)流程。R的SCE...
昨天在做一個(gè)簡(jiǎn)單的頻率分布直方圖時(shí),想在上方增添一個(gè)折線圖,但是發(fā)現(xiàn)簡(jiǎn)單的geom_line()所添加的曲線有點(diǎn)生硬,在想有沒(méi)有使其平滑的方法,于是google一番發(fā)現(xiàn)還是很...
前言 我們知道,細(xì)胞間信息傳遞方式一個(gè)是細(xì)胞表面配受體的相互作用,另一個(gè)通過(guò)細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子,即細(xì)胞因子。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游,有時(shí)候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...
在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析當(dāng)中,當(dāng)我們聚類分群完成之后,緊接著就是細(xì)胞類型注釋,細(xì)胞類型的注釋就離不開(kāi) 基因marker ,即在目標(biāo)細(xì)胞類群和其它細(xì)胞類群之間呈現(xiàn)出不同表達(dá)模式特征的基...
思考題1:表觀遺傳學(xué)概念,分子機(jī)制,及表觀遺傳經(jīng)典現(xiàn)象 一、概念: 在不改變DNA序列的前提下,所引起的可遺傳的性狀(基因表達(dá))的變化。 二、分子機(jī)制: 1.DNA甲基化與去...
背景:在linux系統(tǒng)上使用docker創(chuàng)建鏡像,使用容器。 在日常的生信分析過(guò)程中,環(huán)境的配置往往比數(shù)據(jù)分析本身還令人頭疼。conda的使用方便了R和python包的下載,...
投遞任務(wù) 將參數(shù)寫在shell腳本中 查詢?nèi)蝿?wù) 刪除任務(wù) 任務(wù)狀態(tài)