參考教程鏈接： https://github.com/dmcable/spacexr[https://github.com/dmcable/spacexr] 官方教程： ht...
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空間轉(zhuǎn)錄組2022||空間數(shù)據(jù)反卷積RCTD分析：full mode on Visium hippocampus -
單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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WGCNA 挑選軟閾值我們今天就搞清楚這兩個(gè)問題：1.什么是無尺度分布2.手工計(jì)算軟閾值 無尺度分布 假如我問大家，如果你想認(rèn)識世界上的任何一個(gè)人，需要通過幾個(gè)人來聯(lián)系？ 6個(gè)。 這個(gè)就是6度分隔...
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三種空間組學(xué)數(shù)據(jù)類型的讀取你是否為各種各樣的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)類型而眼花繚亂？你是否想要復(fù)現(xiàn)文章中的分析而倒在了數(shù)據(jù)讀入？你是否希望學(xué)習(xí)空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析卻又無從下手？今天，我們就和大家一起來學(xué)習(xí)多種類型...
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TCGA數(shù)據(jù)下載和整理的三種方法TCGA數(shù)據(jù)下載方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtools 需要下載的數(shù)據(jù)組學(xué)信息（樣本）：（存儲(chǔ)單個(gè)病人表達(dá)數(shù)據(jù)，需整理為表達(dá)矩陣） + （存儲(chǔ)樣本文件的...
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R語言實(shí)踐一之下載GEO數(shù)據(jù)
目標(biāo)一：下載GEO數(shù)據(jù)，以GSE42872為例方法一：通過加裝GEOquery包，使用getGEO函數(shù)可以得到對應(yīng)GEO好的表達(dá)矩陣，注釋信息，樣本信息等。 此步驟Run后下...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒有進(jìn)行可視化，...
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看到文件路經(jīng)就知道是BGI的了hhhh
SCENIC/pySCENIC分析補(bǔ)充+小鼠數(shù)據(jù)示例2022-12-14
適用背景 之前寫了兩篇博客（四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06[http://www.itdecent.cn/p/71...
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謝謝你很有幫助！
SCENIC/pySCENIC分析補(bǔ)充+小鼠數(shù)據(jù)示例2022-12-14
適用背景 之前寫了兩篇博客（四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06[http://www.itdecent.cn/p/71...
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SCENIC/pySCENIC分析補(bǔ)充+小鼠數(shù)據(jù)示例2022-12-14
適用背景 之前寫了兩篇博客（四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06[http://www.itdecent.cn/p/71...
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四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級分析之一，本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程，具體原理和內(nèi)容不展開，主要展示代碼復(fù)現(xiàn)流程。R的SCE...
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如何使折線圖的線條縱享絲滑？昨天在做一個(gè)簡單的頻率分布直方圖時(shí)，想在上方增添一個(gè)折線圖，但是發(fā)現(xiàn)簡單的geom_line()所添加的曲線有點(diǎn)生硬，在想有沒有使其平滑的方法，于是google一番發(fā)現(xiàn)還是很...
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CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器前言 我們知道，細(xì)胞間信息傳遞方式一個(gè)是細(xì)胞表面配受體的相互作用，另一個(gè)通過細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子，即細(xì)胞因子。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游，有時(shí)候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...
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神兵利器——單細(xì)胞細(xì)胞類群基因marker鑒定新方法：COSG在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析當(dāng)中，當(dāng)我們聚類分群完成之后，緊接著就是細(xì)胞類型注釋，細(xì)胞類型的注釋就離不開 基因marker ，即在目標(biāo)細(xì)胞類群和其它細(xì)胞類群之間呈現(xiàn)出不同表達(dá)模式特征的基...
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中國科學(xué)院大學(xué)2021年表觀遺傳學(xué)期末思考題思考題1：表觀遺傳學(xué)概念，分子機(jī)制，及表觀遺傳經(jīng)典現(xiàn)象 一、概念： 在不改變DNA序列的前提下，所引起的可遺傳的性狀（基因表達(dá)）的變化。 二、分子機(jī)制： 1.DNA甲基化與去...
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docker入門使用-linux下的docker入門命令背景：在linux系統(tǒng)上使用docker創(chuàng)建鏡像，使用容器。 在日常的生信分析過程中，環(huán)境的配置往往比數(shù)據(jù)分析本身還令人頭疼。conda的使用方便了R和python包的下載，...
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linux 如何使用qsub命令投遞集群任務(wù) 2022-06-06
投遞任務(wù) 將參數(shù)寫在shell腳本中 查詢?nèi)蝿?wù) 刪除任務(wù) 任務(wù)狀態(tài)