RNA轉(zhuǎn)錄組測序完成后，會進(jìn)行序列比對，得到的結(jié)果是BAM格式的文件。首先將生成的bam文件進(jìn)行排序， 查看bam文件,格式 hg19.genome數(shù)據(jù)的分布必須與下圖一致 ...
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2020-04-23 繪制Circos圖之二 測序深度 -
2022-03-20 GSEA 分析（一）GSEA分析根據(jù)測序公司返回來的分析數(shù)據(jù)，打開包含所有基因的數(shù)據(jù)的excel表 在excel 表中先進(jìn)行部分操作 去除不含EntrezID的行，通過篩選去掉空的列 只保留ge...
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2022-03-13 GO和KEGG分析（一）---根據(jù)韋恩圖交集的基因進(jìn)行分析針對某個基因敲除的斑馬魚，在12-25天會逐漸死亡，因此我們選擇了8dpf 和16dpf 的由于進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序，根據(jù)差異基因我們繪制了如下的韋恩圖，然后我們需要重點關(guān)注灰色區(qū)...
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ChatGPT加持的微軟New Bing（國內(nèi)申請與使用）新必應(yīng)申請 下載安裝 Edge dev 版本，這個版本可以直接申請(不用梯子)使用 Edge dev 下載鏈接：www.microsoftedgeinsider.com/zh...
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bowtie-bowtie2去核糖體RNA一、在NCBI上下載rRNA的fasta序列，用于建立索引 打開NCBI,select “Taxonomy” and search for “sheep“ 點擊 Ovis a...
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small RNA學(xué)習(xí)（一）：GEO數(shù)據(jù)下載一般在轉(zhuǎn)錄組或者基因表達(dá)相關(guān)的文獻(xiàn)中，末尾都會附上Accession Numbers，可以用這個編號在GEO(Gene Expression Omnibus)數(shù)據(jù)庫上下載該研...
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2021-04-24 分析Reads比對基因組后5和3端的序列情況目的：為了分析基因轉(zhuǎn)錄后5‘端和3’端的修飾或添加序列的情況。采用的斑馬魚線粒體基因組為標(biāo)準(zhǔn)序列 將去掉接頭的序列文件fq.gz 變?yōu)閒asta文件格式2.由于fasta文件...
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TRF--Tandem Repeat FinderTRF軟件是基因組注釋中常用于檢測序列中串聯(lián)重復(fù)序列的軟件，無需安裝，使用簡單方便。 1. 重復(fù)序列分為串聯(lián)重復(fù)序列和散在重復(fù)序列（轉(zhuǎn)座子）； 串聯(lián)重復(fù)序列又包含衛(wèi)星序列 >...
