1.介紹 AGORA是“Algorithm for Gene Order Reconstruction in Ancestors”的簡(jiǎn)稱，該軟件能夠以物種樹(shù)、每個(gè)物種的基因集...
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祖先染色體重構(gòu)軟件-Agora -
@深山夕照深秋雨OvO 謝謝作者的回復(fù)，請(qǐng)問(wèn)你按照這套流程跑完得到的CAR數(shù)量很少嗎，每條CAR上大概有多少個(gè)基因呀，我在想是否可以通過(guò)調(diào)整參數(shù)的形式增加同源基因塊的聚類從而使得CAR更接近于真實(shí)祖先染色體數(shù)量，方便給我看一下你運(yùn)行ANGEs軟件的配置文件嗎？非常感謝
使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型
0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
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宏基因組學(xué)/群體遺傳學(xué) 方向
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請(qǐng)問(wèn)作者，CAR下面得到的block具體編號(hào)，意思是這個(gè)編號(hào)包括的物種的所有基因都在該條祖先CAR上嗎？比如CAR1包括編號(hào)100，>100對(duì)應(yīng)了3個(gè)物種的基因，那么意思是這個(gè)CAR1上包括這三個(gè)基因嗎？
使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型
0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
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@深山夕照深秋雨OvO 剛付完費(fèi)按照流程跑了一遍，跑完ANGEs后也有數(shù)百個(gè)CAR，請(qǐng)問(wèn)怎么確定祖先核型數(shù)量？
使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型
0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
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WGDI - 推斷祖先核型0.僅作個(gè)人筆記使用意思就是只考慮我能不能看懂具體每個(gè)參數(shù)的含義參照官方文檔, 這里全部用默認(rèn)參數(shù)https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
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作者您好，請(qǐng)問(wèn)您可以細(xì)說(shuō)一下allspp.ancient.input.txt這個(gè)文件具體是怎么推斷得到的嗎，因?yàn)槲腋那闆r一樣，也是想推斷動(dòng)物基因組的祖先核型數(shù)量，我現(xiàn)在已經(jīng)完成了所有物種與共同的外群做共線性比對(duì)，得到了每個(gè)物種跟外群物種的1V1的correspondence.csv文件，想請(qǐng)問(wèn)接下來(lái)是要手動(dòng)推斷祖先核型文件嗎，這個(gè)軟件能否推斷出祖先核型數(shù)量？因?yàn)閯?dòng)物基因組共線性區(qū)塊匹配特別雜亂，一條染色體可以對(duì)著外群物種的好幾條染色體，如果祖先核型文件需要手動(dòng)寫(xiě)的話，那么具體判斷為祖先染色體的依據(jù)是什么呢，通過(guò)這種1V1的共線性關(guān)系如何推斷到共同的祖先上呢，這個(gè)問(wèn)題困擾我很久了，非常希望作者能解答一下，太感謝了！
WGDI - 推斷祖先核型
0.僅作個(gè)人筆記使用意思就是只考慮我能不能看懂具體每個(gè)參數(shù)的含義參照官方文檔, 這里全部用默認(rèn)參數(shù)https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
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