前言：眾所周知，NCBI對(duì)我朝的局域網(wǎng)不甚友好，對(duì)于國(guó)內(nèi)的生信玩家來(lái)說(shuō)，想要下載SRA數(shù)據(jù)庫(kù)的.sra或者.fastq經(jīng)常遇到網(wǎng)速問(wèn)題，慢到你懷疑人生有木有！因此，我在這里摸...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山東
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如何構(gòu)建表達(dá)矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個(gè)詞是我杜撰的，用來(lái)強(qiáng)調(diào)表達(dá)矩陣構(gòu)建過(guò)程并不簡(jiǎn)單。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個(gè)技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢(qián)，講了他幫一個(gè)粉絲從公共數(shù)據(jù)庫(kù)...
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ChIP-seq實(shí)踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析)在實(shí)踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識(shí)點(diǎn)：（參考文章：http://www.itdecent.cn/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測(cè)染色質(zhì)的類(lèi)型（異...
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2019意猶未盡的基因組可視化IGV（一）劉小澤寫(xiě)于19.6.8之前最開(kāi)始學(xué)習(xí)IGV的時(shí)候?qū)戇^(guò)兩篇推文，當(dāng)時(shí)簡(jiǎn)單做了了解，但有朋友說(shuō)意猶未盡，嗯我也這么覺(jué)得，總覺(jué)得還是學(xué)的不夠。推薦閱讀：https://github...
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Miniconda的安裝與使用（以轉(zhuǎn)錄組分析軟件為例）
在Ubuntu 16系統(tǒng)執(zhí)行 1.安裝miniconda wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-lates...
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下載參考基因組后進(jìn)行完整性檢驗(yàn)、建立索引
摘錄自：https://blog.51cto.com/xiangpang/1711603 http://www.itdecent.cn/p/9b15fa1f1...
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bwa bowtie2 salmon subread hisat2建索引和比對(duì)bwa bowtie salmon 直接從fastq到達(dá)特異性表達(dá)矩陣 subread 備注：需要對(duì)應(yīng)建索引的軟件版本，版本不同會(huì)報(bào)錯(cuò)！ hisat2 HISAT2建立索引時(shí)...
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win10下的ubuntu的子系統(tǒng)安裝docker剛開(kāi)始走了彎路，按照網(wǎng)絡(luò)上的教程一步步安裝docker 這時(shí)一直出現(xiàn)這個(gè)錯(cuò)誤Cannot connect to the Docker daemon at unix:///va...
