前言 基因測序已是時下熱門，目前除了華大基因之外，其他分布于全中國的大型測序平臺（HiSeq X 10）還有約10個，每個每年大概能完成1.8萬人的高深度全基因組測序，加起來...
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從零開始完整學(xué)習(xí)全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第1節(jié) 測序技術(shù) -
RNA-seq：STAR 軟件比對（SLURM遞交系統(tǒng)）
索引構(gòu)建 構(gòu)建好索引后，第一次比對 構(gòu)建二次比對的新索引： PSSTAR緩存文件太大，7TB空間run 190個RNA-seq都吃不消，還是用For循環(huán)來做。
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Trim Galore安裝安裝這個Trim Galore軟件上之前需要安裝好Fastqc和cutadapt兩個軟件： 1. 安裝Fastqc wget http://www.bioinformatic...
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安裝Windows+Linux雙系統(tǒng)2022.01.13安裝windows+linux雙系統(tǒng)本想著在windows上再安裝個Linux系統(tǒng)，然后在Linux上安裝kali，但是安裝完linux后，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上的教程...
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一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互間的轉(zhuǎn)化 | 收藏教程
PS：如果你需要本教程的練習(xí)代碼和文檔，可以在公眾號回復(fù)“20220122”即可獲得。 前言： 今早看到一篇博文，提到了FPKM與TPM間轉(zhuǎn)化。我自己也系統(tǒng)的再次進(jìn)行整理一下...
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主成分分析（PCA）& 主坐標(biāo)分析（PCoA）——R包繪圖（2D/3D散點圖）導(dǎo)讀 主成分分析(Principal Components Analysis，PCA)，也稱主分量分析或主成分回歸分析法，是一種無監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法。PCA通過線性變換將原始...
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GO/KEGG富集分析及R包繪圖（氣泡圖/條形圖）導(dǎo)讀 利用富集分析，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)。而不是說BAX、BID、ABL1、...
