在2019年的一篇NG文章"Resequencing of 414 cultivated and wild watermelon accessions identifies ...
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「生信練習(xí)題」從SnpEff注釋得到的VCF中過濾4DTV位點(diǎn)
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級分析+多組學(xué)分析寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費(fèi)時間，但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識，不斷記錄反思，也...
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2022《Horticulture Research》| 泛轉(zhuǎn)錄組+GWAS/eQTL解析茶樹次級代謝物調(diào)控網(wǎng)絡(luò)2022年7月，劉仁義團(tuán)隊（福建農(nóng)林大學(xué)）和張興坦團(tuán)隊（福建農(nóng)林大學(xué)/中國農(nóng)科院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所）在Horticulture Research期刊（IF=7.291）發(fā)表...
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The Chicken Pan-Genome Reveals Gene Content Variation and a Promoter Region Deletion in IGF2BP1 A...本周閱讀了文章 The Chicken Pan-Genome Reveals Gene Content Variation and a Promoter Region Del...
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應(yīng)該是最新最詳細(xì)的MUMmer中文使用說明如何使用MUMmer比對大片段序列 測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候，大家得到的序列都是單個基因的長度，所以一般都是逐個基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方...
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2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對及分析匯總（個人分析記錄貼）0_1 前言 有時間再詳細(xì)寫introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
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MethylKit 使用手冊
methylKit是一個用于分析DNA甲基化測序數(shù)據(jù)的R包，其核心功能是差異甲基化分析和差異甲基化位點(diǎn)/區(qū)域的注釋。 1. 加載原始數(shù)據(jù) DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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salmon分析RNA-seq實(shí)戰(zhàn)
Salmon應(yīng)用 查看幫助文檔 Quasi-mapping-based mode (including lightweight alignment) 目前，Salmon有兩種...
