在2019年的一篇NG文章"Resequencing of 414 cultivated and wild watermelon accessions identifies ...
在2019年的一篇NG文章"Resequencing of 414 cultivated and wild watermelon accessions identifies ...
寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了,相關(guān)腳本、教程也很多,但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費(fèi)時間,但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識,不斷記錄反思,也...
2022年7月,劉仁義團(tuán)隊(福建農(nóng)林大學(xué))和張興坦團(tuán)隊(福建農(nóng)林大學(xué)/中國農(nóng)科院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所)在Horticulture Research期刊(IF=7.291)發(fā)表...
本周閱讀了文章 The Chicken Pan-Genome Reveals Gene Content Variation and a Promoter Region Del...
如何使用MUMmer比對大片段序列 測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候,大家得到的序列都是單個基因的長度,所以一般都是逐個基因的比較,用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方...
0_1 前言 有時間再詳細(xì)寫introduction。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來,后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控:fastp[https://git...
methylKit是一個用于分析DNA甲基化測序數(shù)據(jù)的R包,其核心功能是差異甲基化分析和差異甲基化位點(diǎn)/區(qū)域的注釋。 1. 加載原始數(shù)據(jù) DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
Salmon應(yīng)用 查看幫助文檔 Quasi-mapping-based mode (including lightweight alignment) 目前,Salmon有兩種...