Entities must not be multiplied beyond necessity.如無(wú)必要，勿增實(shí)體?！W卡姆【中世紀(jì)哲學(xué)家】
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖北
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2026-01-13
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：從fastq測(cè)序數(shù)據(jù)到OTU table筆記內(nèi)容：由二代測(cè)序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（fastq格式）到物種豐度的OTU table， 樣本群落距離矩陣，物種多樣性指數(shù)，序列的進(jìn)化樹及物種注釋信息的分析結(jié)果，為常規(guī)分析流程。...
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Aspera——碾壓prefetch命令的存在, 利用SRR號(hào)批量高效下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)本節(jié)簡(jiǎn)單介紹Aspera安裝和使用，并給出利用SRR號(hào)批量下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)的方法，通過(guò)比較發(fā)現(xiàn)aspera的下載速度與prefetch相比有了質(zhì)的飛躍 前言：我們下...
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基因組組裝----SOAPdenovo21.基因組組裝的流程 基因組組裝的大概流程如下： (1) 測(cè)序得到raw reads序列。 (2) Reads質(zhì)量評(píng)估。 (3) 原始reads質(zhì)控。 (4) 選擇合適的參數(shù)...
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測(cè)序中加入Phix的作用
轉(zhuǎn)自http://www.zxzyl.com/archives/789 測(cè)序中加入Phix的作用 測(cè)序建庫(kù)的時(shí)候，會(huì)加入一定比例的Phix，那么Phix文庫(kù)有什么作用呢，我轉(zhuǎn)...
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16S擴(kuò)增子之Vsearch使用
1.概覽 2.PE reads拼接（fastq_mergepairs） 3.質(zhì)量控制（fastx_filter） 去冗余與聚類生成OTUs或降噪生成ASVs（derep_fu...
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宏基因組分析流程分析內(nèi)容如下圖所示： 具體分析步驟如下： 數(shù)據(jù)質(zhì)控，使用 kneaddata 軟件， 該軟件先調(diào)用 Trimmomatic 過(guò)濾數(shù)據(jù)，然后利用 bowtie2 或 bmtag...
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為什么 BAM 文件 sort 之后體積會(huì)變小
測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)結(jié)果 BAM 文件用 samtools 進(jìn)行 sort 之后發(fā)現(xiàn)體積變小了...當(dāng)時(shí)懷疑是不是 sort 過(guò)程中有一部分 reads 被丟棄了？于是統(tǒng)計(jì)了一下原始...
