西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡(jiǎn)信不回答問(wèn)題，有問(wèn)題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河北
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催更！????
MySQL一些我不熟悉的技巧
1. 插入數(shù)據(jù) 簡(jiǎn)單插入數(shù)據(jù) 批量插入數(shù)據(jù) insert ignore into table [(cols)] # 檢查數(shù)據(jù)，如果有重復(fù)的數(shù)據(jù)則忽略插入的數(shù)據(jù) replace...
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【R去重】 保留第一個(gè)重復(fù)/去所有的重復(fù)參考： R語(yǔ)言第二章數(shù)據(jù)處理③刪除重復(fù)數(shù)據(jù)果子學(xué)生信 1.保留第一個(gè)重復(fù): A,A,B,C --->A,B,C2.去掉所有重復(fù):A,A,B,C --->B,C一般情況函數(shù)默認(rèn)...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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vs code更改默認(rèn)終端 conda activate激活
緣起：今天想嘗試在vs code中使用python，出現(xiàn)了幾行warning，大意是conda無(wú)法激活。 總結(jié)經(jīng)驗(yàn)： Anaconda可以看作是一個(gè)虛擬機(jī)，我們的python...
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Rnbeads包差異甲基化分析愚人節(jié)快樂(lè)。 導(dǎo)入數(shù)據(jù)，設(shè)置選項(xiàng) hESCs vshiPSCs 注釋文件路徑 告訴軟件測(cè)序數(shù)據(jù)是哪個(gè)平臺(tái)的數(shù)據(jù) 測(cè)序數(shù)據(jù)路徑（450K：idat文件） 選擇option pr...
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差異分析的檢驗(yàn)方法前言 眾所周知，當(dāng)你所自己今年比去年更優(yōu)秀的時(shí)候是不可以隨便吹牛的，請(qǐng)把你在簡(jiǎn)書(shū)上發(fā)文的頻率以及質(zhì)量擺出來(lái)！ 面對(duì)今年和去年的數(shù)據(jù)，或許你需要一個(gè)統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)的方法... 組間差...
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@Christophe_0c1f https://gtexportal.org/home/datasets@Christophe_0c1f https://gtexportal.org/home/datasets這個(gè)網(wǎng)址下有一個(gè)GTEx_Analysis_v8_Annotations_SampleAttributesDD.xlsx文件，可以下載來(lái)看一下
復(fù)盤(pán)總結(jié)（三）
GTEX表達(dá)矩陣預(yù)處理 R語(yǔ)言學(xué)習(xí)：1.append添加新的列。2.R語(yǔ)言處理大規(guī)模數(shù)據(jù)速度不算快，通過(guò)安裝其他包比如data.table可以提升讀取處理速度。fread比r...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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如何從UCSC上下載注釋文件以及gene_id相互對(duì)照文件下載注釋文件（以hg19為例） 下載gene_id相互對(duì)照文件 UCSC上的注釋文件還是非常全面的，clade選擇大的分支，genome選擇物種，assembly選擇基因組對(duì)...
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回家了，bug來(lái)了[lt@localhost ~]$ java -version Error: dl failure on line 597 Error: failed /data/home/...
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復(fù)盤(pán)總結(jié)（五）
今天做展示PPT的時(shí)候發(fā)現(xiàn)可以用一種更簡(jiǎn)單的方式計(jì)算之前計(jì)算過(guò)的內(nèi)容，因此更新一下之前的結(jié)果。1.相關(guān)性分析結(jié)果 2.組織特異性甲基化的啟動(dòng)子區(qū)域 得到2006個(gè)組織特異性甲...
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復(fù)盤(pán)總結(jié)（四）
特異性分析 得到1495個(gè)組織特異性的啟動(dòng)子甲基化區(qū)域。（由12118個(gè)啟動(dòng)子甲基化區(qū)域得到）不重復(fù)的基因只有1392個(gè)，有一些基因在不只一個(gè)組織中，也有的基因在組織中重復(fù)出...
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復(fù)盤(pán)總結(jié)（三）GTEX表達(dá)矩陣預(yù)處理 R語(yǔ)言學(xué)習(xí)：1.append添加新的列。2.R語(yǔ)言處理大規(guī)模數(shù)據(jù)速度不算快，通過(guò)安裝其他包比如data.table可以提升讀取處理速度。fread比r...
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復(fù)盤(pán)總結(jié)（二）
接復(fù)盤(pán)總結(jié)（一） methylkit R包上游處理 對(duì)甲基化位點(diǎn)進(jìn)行注釋、導(dǎo)出SPM分析上游文件 幾點(diǎn)說(shuō)明：1.啟動(dòng)子區(qū)域的選?。荷舷掠?50bp，參考文獻(xiàn)中做法。當(dāng)然也有選...
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復(fù)盤(pán)總結(jié)（一）新年最適合干什么？當(dāng)然是復(fù)盤(pán)總結(jié)??！先從代碼開(kāi)始復(fù)盤(pán)。 linux處理bed文件 用linux不多，還是一開(kāi)始嘗試上游分析（測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控、比對(duì)）的時(shí)候用的比較多。linux...
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盤(pán)一盤(pán) 生信技能樹(shù)R語(yǔ)言小作業(yè)（高級(jí)）生信人的20個(gè)R語(yǔ)言習(xí)題 1.安裝一些R包： 2.了解ExpressionSet對(duì)象，比如CLL包里面就有data(sCLLex) ，找到它包含的元素，提取其表達(dá)矩陣(使用e...
